子宫腺肌症不是因为囊肿，而是因为子宫内膜生长在子宫内腔的肌层。
女性在来月经期间，子宫内膜会脱落，而子宫肌层的子宫内膜因为不能继续生长，就会在子宫肌肉上出现剥离、出血，这种重复的情况会使子宫增大。囊肿分为卵巢囊肿和输卵管囊肿，两者属于两个不同的组织，两者之间没有任何关系，因此，子宫腺肌症并不是由囊肿造成的。
卵巢巧克力囊肿和腺肌症相比腺肌症更严重一些，腺肌症是子宫内膜异位到子宫肌层上形成的一种病症，属于内在性子宫内膜异位症，卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。
可以先试试药物治疗，但就是需要长期服用，只能起到控制或缓解症状效果，但对于瘤体消除是不太可能的。所以还是考虑做手术切除子宫缓解疼痛。没有什么好的办法，还可以口服药物，也可以通过手术治疗。
通常情况下，巧克力囊肿和子宫腺肌症可以通过药物、手术等来治疗。具体分析如下：
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢后，内膜增生形成的囊肿，囊肿内有血瘀如同巧克力糊状。巧克力囊肿可以口服雌激素治疗，减少内膜增生，缩小囊肿，还可以在宫腔内放置节育环，释放孕激素，抑制囊肿生长。还可以通过巧囊切开引流术，彻底清除病灶。
子宫腺肌症是子宫内膜生长到了子宫的肌层，一般应用芬必得等非甾体抗炎药来缓解痛经，然后进行腺肌症病灶切除术。
患有子宫腺肌症和巧克力囊肿，只能说自然受孕的可能性小。应在医生的指导下做相关的检查，如果准备怀孕了，也做b超监测卵泡发育情况，直至观察到排卵，然后在医生的指导下安排同房时间。
