进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
如果同房导致妊娠，可以在7-10天后用早孕试纸进行检测，也可以到医院采血检测HCG和孕酮，可以初步诊断妊娠。现在怀疑自己怀孕了，可以去药店买一个怀孕测试棒或早孕试纸来测试，以确定怀孕，月经推迟约10天前去医院做B超检查，以确定是否怀孕。
检查的方法是:禁食水8-10个小时，清晨先抽取静脉血查空腹血糖，然后75克葡萄糖稀释成300ml，在5分钟内喝完，服糖后1个小时及两小时查血糖。正常情况下，空腹以及服糖后1小时、2小时的血糖值分别低5.1mmol/L、10.0mmol/L、8.5mmol/L。任何一点血糖值达到或超过上述标准，即可以诊断为妊娠期糖尿病。
月经推迟或提前一周都属于正常现象。如果不放心可以做早孕试纸测定或在停经42天左右做B超检查以明确是否宫内怀孕。如果想怀孕应该在排卵期同房，受孕的几率更大，排卵日是在月经前14天左右，排卵日的前5天和后4天属于排卵期。
肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。
