性功能障碍应加强对性知识的引导，消除对性问题的忧虑和恐惧，纠正错误的性观念和性交方法，使夫妻的性生活协调一致。心理治疗强调个体化治疗，常用的有心理分析、厌恶疗法、全身脱敏疗法、家庭疗法等。主要通过性集中训练，使之逐渐适应，熟悉性交过程，提高自己的性反应意识，充分享受性交的快感，减少对性交的焦虑和恐惧。在治疗过程中，另一方应避免性体验、性自尊和性幻想的不良刺激，避免有害的性吸引活动。耻骨尾骨肌训练对于骨盆底肌松弛或产后耻骨尾骨肌发育不全的妇女尤其有效。
对于肾阴虚证的患者，可以采用滋肾育阴，养血益气的治疗方式，而肝郁气滞的患者，而需给予养血柔肝、理气解郁的治疗。肾阳虚证的性功能障碍可以采用温肾扶阳、填精益气的治法。
根据每个病人的情况不同，会采取不同的治疗方法。从医疗角度的方法会有手术治疗，还有一些心理治疗，还有性教育，是出于现在对性问题的一个顾虑和担忧，所以要纠正错误的观念才能够使夫妻间的生活变得更加和谐。还会有物理治疗，如用电动的按摩器刺激男性的生殖器官。
性功能障碍的治疗方案。存在性功能障碍的问题，要通过相关的检查，确定是什么症状，如果是早泄，要从心理上进行治疗，病人不能过于紧张。还可以在阴茎上涂抹相关药物或者是相关药物，通过对阴茎的麻醉起到延长射精的作用。有的人是勃起功能障碍，这种现象称之阳痿。可以口服相关药物，在性生活前半小时口服，可以能够明显的提高阴茎的勃起功能。
性功能康复离子透析是治疗性功能障碍的最先进的方法，安全、快速、先进，也可以选用中成药来调理，日常应增强体质，避免辛辣刺激，饮食上多吃有补肾固精作用的食物，比如狗肉羊肉猪腰等。
性功能障碍的治疗需要采取综合方法，器质性疾病要积极治疗原发病。加强性知识指导，消除对性问题的顾虑和恐惧，纠正错误性观念及性交方法，使夫妻性生活协调。心理治疗强调个体化治疗方案，常用的有精神分析法、厌恶疗法、系统脱敏疗法、家庭疗法等。
