性功能障碍的治疗需要采取综合方法，器质性疾病要积极治疗原发病。加强性知识指导，消除对性问题的顾虑和恐惧，纠正错误性观念及性交方法，使夫妻性生活协调。心理治疗强调个体化治疗方案，常用的有精神分析法、厌恶疗法、系统脱敏疗法、家庭疗法等。
根据每个病人的情况不同，会采取不同的治疗方法。从医疗角度的方法会有手术治疗，还有一些心理治疗，还有性教育，是出于现在对性问题的一个顾虑和担忧，所以要纠正错误的观念才能够使夫妻间的生活变得更加和谐。还会有物理治疗，如用电动的按摩器刺激男性的生殖器官。
性功能障碍应加强对性知识的引导，消除对性问题的忧虑和恐惧，纠正错误的性观念和性交方法，使夫妻的性生活协调一致。心理治疗强调个体化治疗，常用的有心理分析、厌恶疗法、全身脱敏疗法、家庭疗法等。主要通过性集中训练，使之逐渐适应，熟悉性交过程，提高自己的性反应意识，充分享受性交的快感，减少对性交的焦虑和恐惧。在治疗过程中，另一方应避免性体验、性自尊和性幻想的不良刺激，避免有害的性吸引活动。耻骨尾骨肌训练对于骨盆底肌松弛或产后耻骨尾骨肌发育不全的妇女尤其有效。
男性性功能增勃方法，通过负压吸引、水按摩、电磁振荡及药物导入等功能，导致阴茎肿大和勃起；同时，利用中药液按摩及电磁脉冲等功能，降低龟头的敏感性，改善神经传导功能，增强局部肌肉能力，消除病人心理障碍，增强治疗信心。
非器质性就是指不是身体器官或组织机能原因引起的问题。这种功能障碍，与手淫有关系，可以到医院做检查，明确诊断病因以后，按医嘱及时的对症治疗，彻底的戒掉手淫，多参加体育锻炼，多吃壮阳的食物。
首先的一点是必须认真治疗原发病灶。要注意生殖器官的卫生，避免感染，性活动前调节好心理，可达到预防早泄、很快就射了的作用，可采用药物控制。总之，男子性功能方面问题病者首先的一点是要正确认识此种疾病，从心理阴影中走出来。