熊去氧胆酸胶囊的副作用有，胃肠道紊乱，用熊去氧胆酸进行治疗时稀便或腹泻的报告常见。在治疗原发性胆汁性肝硬化时，发生严重的右上腹疼痛十分罕见。肝胆功能紊乱：用熊去氧胆酸进行治疗时，发生胆结石钙化的病例十分罕见。治疗晚期原发性胆汁性肝硬化时，发生肝硬化失代偿的情形十分罕见，停止治疗后部分恢复。过敏反应：发生荨麻疹十分罕见。
熊去氧胆酸是消化科常用的利胆剂，也是胆结石溶解剂，可以应用于胆结石的治疗中，治疗胆汁淤积性肝病，原发性胆汁淤积性肝硬化。还可以治疗胆汁反流性胃炎，副作用会便秘、过敏、头痛、头晕、胰腺炎和心动过速等。
熊去氧胆酸可以有效治疗自身免疫性肝炎。而且服用此药物的疗程很长，甚至可以按年计算。而且它的安全性也比较高的，是可以长期服用的。平时应注意休息，不要饮酒，否则会对肝造成损伤。
熊去氧胆酸片的成人口服剂量一般是按公斤体重来算，每日8～l0mg/kg，早、晚进餐时分次给予。疗程最短为6个月，6个月后超声波检查及胆囊造影无改善者可停药，如结石已有部分溶解则继续服药直至结石完全溶解。
任何药物都是有副作用的，最为常见的是胃肠道反应，有时会出现腹泻、恶心、呕吐、罕见有腹痛、便秘、胃灼热、腹部不适等，少数人是有过敏反应等，如果轻度，可以无需处理的，重度，需要考虑调换药物的。
