一般情况下，初期的灰指甲可以采用以下方式进行治疗：
1.生活管理：初期的灰指甲，患者应该做好生活管理，还要注意局部的清洁卫生，手部保持清洁、干爽，不要长期在水中浸泡，这样都有利于灰指甲的恢复、痊愈。
2.药物治疗：初期的灰指甲，患者可以在医生指导下使用盐酸特比萘芬片、灰黄霉素片、伊曲康唑胶囊等药物进行治疗。
外用药物可以有一定的疗效，但疗程长，要有长期坚持治疗的耐心，手指甲有灰指甲一般外用药物最少三个月。想治好灰指甲可以采用外用加内服的办法，用药一周休息三周为一个疗程。一般需要3个疗程。用药期间密切监测肝功能。
如果患者存在脚气长期不治疗的情况，那么足部真菌很可能会感染到脚部趾甲破损处，发生甲下真菌感染，造成灰指甲。建议患者选用抗真菌药物进行治疗，能够达到较好的杀菌功效。
推荐患者可选用亮甲牌复方聚维酮碘搽剂这类外用搽剂治疗，既可避免口服抗真菌药物带来的肝肾负担，其阿司匹林分解后还有助于药液更好地渗透甲下，帮助药效成分的吸收。脚气引发的灰指甲患者平时需使用药膏或泡脚药物来改善脚气，同时在医生指导下长期用药治疗灰指甲，约两个月后通常可见症状改善。
一般情况下，脚灰指甲可以通过外科手术、药物治疗等方式进行改善，具体内容如下：
灰指甲是由真菌引起的，一般是由足部趾甲感染引起的。如果是一只趾甲，可以通过外科拔除，但由于出血较多，而且会造成很大的痛苦，所以临床上很少采用外科手术。灰指甲的治疗主要是外用抗真菌药，在应用抗真菌药物前要先软化趾甲，这样可以让药物渗透到患处，如果是灰指甲比较严重，可以服用一些抗真菌药物。
灰指甲本身是真菌感染引起的，中药没有专门针对真菌治疗的药物。用中药的话也只能是清热解毒类的药物，可以起到辅助治疗的作用，需要用特比萘芬片，或者灰黄霉素，进行抗真菌药物治疗，按照规定的疗程用药，注意肝功情况。
派瑞松是含有激素的药物，对于灰指甲治疗效果不太好，灰指甲是由于真菌感染引起来的，这个需要抗真菌的药物治疗，治疗之后需要尽量不要接触有污染霉变的东西，不然容易复发。灰指甲的传统治疗方法是在用药前用小刀刮削松脆的病甲，或将病甲削薄，然后涂5%碘酊或10-30%冰醋酸溶液。这种方法起码要坚持一年才能见效。很多病人往往由于碘的颜色，冰醋酸的气味以及疗程太长而中断治疗。而且指（趾）甲自身的致密结构阻碍了外用药物的渗入，因此单用外用药治效果一般，目前主要配合口服药使用。