腱鞘囊肿可以通过手术根治。
腱鞘囊肿是一种与长期劳损、结缔组织退行性变相关的慢性疾病，主要表现为体表包块、酸胀感、关节活动受限等，还有部分患者可能不会出现明显的症状。建议可以通过长期的观察来避免局部的重复刺激和摩擦。腱鞘囊肿逐渐增大，并有压迫神经血管的表现，可以用手指挤压，或者是穿刺取出液体注入激素，需要手术切除。
如果是已经形成了肛瘘，就要立即手术，因为时间长了，容易形成多个瘘管，增加手术的复杂性和痛苦。越早手术越好，因为这与医生的技术和经验有很大关系，所以要到正规的肛肠专科医院手术治疗，这样能很快得到治疗。还不复发。
囊肿是一种良性疾病，可在任何部位发生，常见的甲状腺囊肿、乳腺囊肿，女性常见的是乳腺囊肿，有乳腺增生的症状，可以定期观察和随访。如果是甲状腺囊肿，则出现局部压迫症状，也可以考虑进行手术治疗。
通常情况下，在我国现有的医学技术条件下，儿童骨囊肿也能得到根治。由于儿童骨囊肿的严重程度不同，需要根据具体情况来选择合适的治疗方法。
对于轻度的骨囊肿，可以通过保守的方法来进行治疗，不需要手术，也可以让骨囊肿慢慢的消失，但是复发的可能性会更大。对于严重的骨囊肿，需要进行外科手术，去除纤维灶，避免骨囊肿复发。
腱鞘囊肿可以按摩挤压、外用消炎类药物，严重时可打激素类封闭药物或手术来治愈。
早期的腱鞘囊肿可以通过按摩挤压来治愈，如果局部炎症明显，可以配合口服或者外用消炎药物进行治疗。慢性腱鞘囊肿的有些囊液比较粘稠，难挤破，可以用针刺挤出，然后在囊腔内打封闭药物，也能治愈，但部分腱鞘囊肿这种方式也无法治愈。也有可能出现复发的情况，腱鞘内的炎症分泌的滑液增多，会导致局部薄弱部位突出，形成新的腱鞘囊肿，早期可以通过按摩挤破治疗，病症长时间没有得到缓解时，需要通过穿刺封闭甚至手术切除。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。
