阴茎勃起超过13cm，就是正常的长度，如果勃起小于13cm，就是阴茎的短小。阴茎短小的病因，最常见的年轻人就是手淫和包皮过长导致。另外发育期性激素不足也可以导致阴茎短小。还有人是先天的，比如染色体的异常，也可以导致阴茎短小。如果年轻人是因为手淫、包皮过长导致，发育期一定要尽早割掉包皮，尽快彻底戒掉手淫，发育期还可以继续发育，一般阴茎会发育到18周岁左右。
一般勃起的时候短于10厘米才算是阴茎短小的，如果没有阴茎短小或者没有影响到性生活是不需要担心和治疗的，大多数情况下阴茎的大小和自身体质以及遗传性有一定的关系，保持好心态，不要有什么自卑感。
阴茎根部上三公分痛可以服用止疼和抗炎药品。
一般情况下，茎根部上三公分痛可能是前列腺炎引起的神经性的疼痛，这种情况可以去往医院进行详细的检查，明确病因后，就可以服用元胡止痛颗粒等止痛药物，对症状的治疗有良好的缓解效果。另外还可以在医生的指导下服用前列安通片等抗炎药物来进行治疗。此外还有很多原因都会引发前列腺炎，所以在日常生活中要注意个人的饮食，不要食用生冷、辛辣等食物，多吃新鲜的蔬菜和水果；还要注意避免剧烈运动，多注意休息。
我国男性阴茎勃起后一般在12厘米左右。通常在9.5～14厘米之间，疲软状态多在8厘米。阴茎大小一般以勃起后测量为准。勃起的硬度比勃起长度更重要。阴茎应该处于偏短，但不是阴茎短小。一般不需要处理。有包皮过长可以做包皮环切治疗。
阴茎短小可以做延长手术治疗，手术是采用微创的技术将男性的阴茎延长3-5公分左右的效果，不会有任何副作用也是不影响正常的工作，术后不用住院，恢复也是比较快，局部麻醉手术几乎没有疼痛的感觉，术后做好消炎避免感染就可以。
阴茎短小，中医一般认为肾元不足。指成年男子阴茎短而细小如未成年状，不能进行正常的性行为，因而也就没有生育能力。可伴见性欲淡漠，毛发不泽，发育欠佳，体倦易疲，舌质谈白，脉沉细。