长期服用可以引起吸收不良，减少维生素B12在肠道的吸收，时间较长，使血红蛋白减少，产生巨红细胞贫血。还有的会出现消化道症状，比如恶心，呕吐，腹泻等，有时会出现乏力，头晕，皮疹等症状，极少一部分可以出现乳酸性酸中毒。
二甲双胍是治疗糖尿病一线用药，还有减肥的效果，特别适用于肥胖的2型糖尿病患者，副作用就是胃肠道反应，可能会有腹泻，恶心，呕吐等，一般只要能耐受，是没有关系的。还有比较少见的情况是乳酸酸中毒，乳酸高的人不建议用二甲双胍，发热，昏迷，缺氧的情况下不建议用，其他情况基本上是没问题的。
糖尿病长期服用二甲双胍的副作用如下：
1.可能影响维生素B12的吸收会在使用二甲双胍后发生巨细胞贫血。
2.会影响肝功能或肾功能。特别是对过去有肝功能衰竭的患者要特别注意。
3.长期服用二甲双胍也会影响患者的味觉。
4.长期服用二甲双胍中常见的不良反应有胃肠道反应。例如，可能会出现恶心、呕吐、腹泻等症状。
二甲双胍可减少肝糖产生，降低肠对糖吸收，并且可通过增加外周糖摄取和利用提高胰岛素敏感性。主要用于饮食控制和体育锻炼治疗无效的二型糖尿病人，特别是肥胖的二型糖尿病。与胰岛素合用，可以减少胰岛素的剂量，减少低血糖反应。还可以与磺脲类的降糖药物共同应用，起到协同作用。
二甲双胍是伴有肥胖和胰岛素抵抗的糖尿病患者的常用胰岛素增敏剂，二甲双胍可抑制肝脏合成葡萄糖，增加外周组织对胰岛素的敏感性，通过降低胰岛素水平达到纠正患者，高雄激素状态改善卵巢排卵功能，提高促排卵治疗效果。
常见副作用是可引起明显的消化道反应：恶心、呕吐、腹痛、腹泻，以及口中金属味，有时还可能导致疲倦、乏力、头晕、皮疹等，从而导致巨幼红细胞性贫血。该药乳酸酸中毒的风险很低，一旦有可疑症状应给予充分的重视，早期可表现为：呕吐、腹痛、换气过度等。
