巴氏腺囊肿可以使用碘伏消毒，或者口服药物来进行治疗。
一般患有巴氏腺囊肿的患者多是由于混合性细菌感染所导致的，在急性炎症发作时，是需要保持外阴的清洁卫生，首先可以使用碘伏进行消毒，或者使用1:5000的高锰酸钾进行坐浴治疗。或者口服喹诺酮类，比如阿奇霉素，或者头孢菌素等口服药物进行治疗。如果已经形成脓肿，建议尽早切开引流治疗。
巴氏腺囊肿一般指前庭大腺囊肿，可以通过手术、使用药物等方法进行治疗。
前庭大腺囊肿是因前庭大腺管阻塞，分泌物积聚而成，而腺管堵塞，分泌物不能排出，脓液会逐渐转为清液而形成囊肿，腺腔内的黏液浓稠或先天性腺管狭窄排液不畅，也可形成囊肿。通常可以通过手术进行治疗，比如前庭大腺囊肿造口术，而为了消肿，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有服左氧氟沙星、阿奇霉素、头孢克肟片等。
一般情况下，所谓的巴氏腺囊肿，是由于细菌、病毒等特殊病原体感染了外阴，引起了炎症，从而造成了腺管的开口处阻塞，从而造成了腺体的分泌物无法排泄而形成的囊肿。其主要表现为外阴后下1/3部位肿胀，局部肿胀，不能正常走路，会严重影响工作和生活。局部麻醉、前庭大腺囊肿造口术后3-5日即可出院，通常术后1-2周后即可痊愈。
一般情况下，巴氏腺囊肿又称前庭大腺囊肿，通常能好，但是需要积极进行治疗。具体情况分析如下：
称前庭大腺囊肿发生在女性大阴唇与小阴唇的交接部位，因生理或病理因素造成的腺管堵塞，使囊腔内液体无法排泄而形成的囊状肿瘤。对于此症，可以通过外科和药物的方式来进行。可以选择激光造口术，同时要做好清洗、换衣服、防止感染等。若出现脓性感染，应做切口引流术。可以口服一些中药，同时还可以使用大黄牡丹汤、金银花、紫花地丁、丹皮、赤芍等进行消肿止痛的方法。
较大的巴氏腺囊肿，会出现外阴坠胀、性交不适等症状。如果感染可出现明显疼痛、脓肿，巴氏腺囊肿出现波动感，严重者还会出现体温升高，需要及时手术治疗。建议平时做好会阴部位的日常护理，保持清洁卫生，不要吃辛辣刺激性食物，月经期勤换卫生巾。
一般来说，巴氏腺囊肿可以吃头孢地尼、奥硝唑胶囊、阿奇霉素等药物，具体如下：
巴氏腺囊肿又称前庭大腺囊肿，是因前庭大腺的腺管开口部阻塞，分泌物积聚于腺腔而形成。囊肿小且无感染时，一般没有症状，如果囊肿较大，可有外阴坠胀感或性交不适。通常可采用头孢地尼、奥硝唑胶囊、阿奇霉素抗生素进行治疗。
在治疗期间，应保证营养均衡，饮食以清淡为主，多吃新鲜的水果和蔬菜，多喝水，多吃富含蛋白质的食物，平时要少吃油腻煎炸、生冷食物。