先天性心肌桥治疗主要是通过药物治疗和手术治疗。另外是采集手术，有两种术式即心肌桥切除术及冠状动脉搭桥术。心肌桥是一种先天性的冠状动脉发育异常，容易引起心肌缺血。心脏收缩时被心肌桥覆盖的这段冠状动脉受到压迫出现收缩期狭窄引起心肌缺血，出现心悸、胸闷气短、心前区不适或闷痛。
心肌桥是一种先天性解剖学变异，多数病人无临床症状，但个别病人可出现心绞痛，心肌梗死甚至猝死。近年来，随着冠脉CT及冠脉造影的普遍开展，心肌桥发现呈上升趋势。心肌桥病人的临床表现差异较大，多数无明显症状。由于收缩期时心肌桥挤压导致冠状动脉狭窄，引起局部心肌供血不足，部分病人可表现为心绞痛，心律失常，个别可发生心肌梗死甚至猝死。
心肌桥如果没有合并明显的胸闷、胸疼、心悸、心慌等不适，可以不用药物治疗，但是要避免情绪激动、戒烟、戒酒、少喝咖啡、少喝浓茶。如果有症状，而且心肌桥在收缩期不适很重，可以用β受体阻滞剂。
一般不严重的，多数是不需要治疗的，心肌桥不是严重的疾病，是先天性的，冠状动脉的血管应该是长在心肌外面的，心肌桥是指血管在心肌里面了，心肌桥是可以引起胸闷，心慌，胸痛等类似冠心病症状的。治疗上没有特效的方法，可以试服相应药物，有些严重者甚至需要手术，把压住冠状动脉的心肌割掉，在心脏手术中是小手术，还有一种办法是在心肌桥那里植入支架。
先天性心肌桥是一种由先天性发育不良引起的疾病。当冠状动脉的一部分被心肌包围时，该疾病通常无症状，少数可出现胸闷、恐慌、呼吸困难等症状。需要尽快去医院确认诊断，如果无症状，不需要治疗，如果经常出现身体不适，需要尽快手术，手术后可以痊愈。
不能治疗的，因为心肌桥会导致冠状动脉通常走行于心外膜下的结缔组织中，心肌桥是正常冠脉走行于心肌内，随着心肌正常收缩，挤压冠状动脉，导致远端心肌缺血，从而产生类似心绞痛症状、心律失常、甚至心肌梗死或猝死。
