手术后4-6个小时就可以开始吃流质或者半流质的饮食，一般手术后次日就可以正常饮食在次日可以正常的下床活动。根据恢复的情况不同，一般手术后一到两天就可以出院。因为绝大多数输尿管镜碎石主要是碎石而不是取石，所以很多人手术后有残留的结石需要通过，患者通过饮水和适当活动，以及排斥的药物促进结石的排出。
放双J管，可以起到引流的作用，也可以避免输尿管发生狭窄。还有一些细小颗粒样的结石，可以通过双J管自行排出。在排石过程中，可能因为上尿路有梗阻而引起疼痛，双J管还可使疼痛减轻。
对于较大的超过一公分的、嵌顿性的输尿管结石，并且合并有输尿管息肉、输尿管狭窄和上尿路感染的输尿管结石以及手术当中有输尿管损伤的输尿管结石，一般在术后都需要留置双J管，其目的首先是预防输尿管狭窄的形成，另外还可以用来引流肾脏的积水。
输尿管软镜碎石术的后遗症，输尿管损伤，包括术中输尿管脱套，也称输尿管断裂、穿孔、出血等，较严重，一旦发生需紧急行术中输尿管再吻合，吻合后也可能出现输尿管狭窄，引起肾积水等。穿孔时可留置输尿管支架，使输尿管自行愈合。术后继发感染，如脓毒血症，可出现感染性休克，需积极行抗感染治疗。
留置双J管可以避免输尿管粘连狭窄以及可以避免肾积水影响肾功能状况，适当水分要补充充足尿路冲洗，可以到医院泌尿外科检查治疗则是需要一个月左右才可以拔除双J管的，可以出现不适的症状。
没有确切的具体日期，因人而异。如果结石不大，碎石比较顺利，恢复的也会比较快。在七八天以后就可以同房。如果结石比较大，碎石后有尿血的情况，需要一定的时间段来恢复，近期不要有性生活。
