小肠间质瘤首选的治疗方法是手术切除，对肿块体积较小的倾向为良性的间质瘤，可考虑行内镜下或腹腔镜下切除，但需要考虑到的是所有的胃肠间质瘤均具有恶性潜能，如果切除不充分则有复发和转移的危险。
通常情况下，食管间质瘤患者需要做影像学检查、细针穿刺活检等检查。具体情况分析如下：
影像学检查：食管间质瘤是原发于食管内除平滑肌瘤或神经源性肿瘤之外的另一类间叶源性肿瘤，食管间质瘤患者可以通过做CT检查明确肿瘤的部位、大小及侵犯范围，做MRI检查显示肿瘤内坏死、出血、囊性变及周围脏器。
细针穿刺活检：食管间质瘤患者可以通过做细针穿刺活检判断肿块的良恶性。
通常情况下，对于胃间质瘤，如无手术禁忌，则需行外科手术，胃间质瘤则采用腹腔镜下手术，胃底部及胃体部的胃间质瘤则需行胃楔形切除术。切除范围为1~2cm，除肿瘤外，尚有正常胃壁组织。
如果是中高危病人，可以选择伊马替尼作为一种靶向药物。术后要注意饮食，尽量少吃，尽量少吃，尽量少吃东西，术后要定期随访，胃镜检查一年以内。
胃部小间质瘤是否会转移，需要根据性质进行判断。
胃部小间质瘤如属于良性阶段，一般不会出现转移，也不需要进行任何的处理。胃部小间质瘤如属于恶心阶段，癌细胞会顺着淋巴管和血液循环，转移到肝脏、肺部、骨骼，或者是腹内。肿瘤还会侵犯和发展，导致出现食欲减退、恶心呕吐等相关的临床表现；如果向其它地方扩散，还可能会导致肝脏疼痛，胸部疼痛和骨头疼痛。
间质瘤不是癌症。间质瘤是胃肠道间质瘤。胃肠道间质瘤并不等同于胃癌或肠癌。癌是指发生于上皮的恶性肿瘤，具有浸润性生长和容易复发和转移的特点。而胃肠道间质瘤则是发生于胃肠道的间叶组织，其局部侵袭性并不如癌症，较少的通过淋巴结，而是通过血液转移。
