一般情况下，先天性室间隔缺损手术是在全身麻醉下切开胸部，切开右心房缝合或修补缺损部位。或经大血管介入封堵缺损处。
通常在全身麻醉之后，先将皮下脂肪、肋骨和肋间的切口锯断，露出胸部，通过体外循环法引导血进入体外，随后冷却，减少氧气消耗，打开右心房，寻找缺陷，用补丁等材料将缺损修复，重新封闭，在完成复搏后，将血液回流，封闭胸部，将皮下脂肪缝好。麻醉和苏醒之后，便完成了该手术。
室间隔缺损患儿需要常规彩色多普勒超声复查。随着婴儿年龄的增长，逐渐痊愈是可能的。孩子还没有痊愈，就要进行这种修补手，这种修复手术非常有效。修复手术后，孩子的疾病可以完全治疗好。
通常情况下，室间隔缺损3mm必须做手术。具体情况分析如下：
如果出现大于2mm的室间隔缺损，就会出现明显的左右分流，长期的分流会造成左右心室的扩张，同时还会影响到心脏的功能，甚至还会影响到动脉的血液中的氧气，从而对身体造成伤害。3mm的室间隔缺损，如果缺损部位比较好，可以考虑进行介入封堵治疗。缺损部位不理想，无法进行介入封堵，可以选择手术进行封堵。
一般情况下，在室性缺损中，心房间隔缺损一般为1~3cm。在5mm以下的病人，其心房及室壁的血流很少，并且没有明显的临床表现，因此室间隔缺损3mm不严重。
如果在新生儿期出现室间隔缺损3mm的情况，通常在10年以前就能自动闭合。室间隔缺损3mm一般都有很好的预后，正常生活和普通人没有什么区别，如果室间缺损比较严重，则有可能会导致心脏功能不全，建议患者及时去医院就诊，查明病因后对症治疗。
如果手术长时间不执行，会产生肺动脉高压，心力衰竭等症状，使患者的安全受到威胁，室间隔缺损术后应注意护理相关护理措施。应该做好防止感染的工作，并且应该提供合理的饮食以减少饮食，避免暴饮暴食，以免对心脏造成负担并对身体健康产生不利影响。
室间隔缺损如果患儿较小的情况下一般1到2毫米内可有自愈倾向。但是由于年龄过大或是间隔缺损较严重的情况下，治好的可能性较小。平时一定要注意休息，改善睡眠，不要熬夜，少吃辛辣刺激性食物。