一般需要住院3天-5天可以出院，十天后可以拆线。术后早期住院观察治疗，避免继发性细菌感染，给机体带来不适反应现象。注意休息避免劳累，固定患部减少活动，加强营养增加抵抗力，及时给予消炎对症处理，按时复查处理及康复锻炼身体，早期恢复健康。
腘窝囊肿属于良性的包块，如果只是单纯的包块，没有压迫血管神经引起肢体麻木，疼痛或者缺血表现，可以观察。但是如果伴随明显的神经血管压迫，需要考虑手术治疗。腘窝囊肿可以通过彩超，磁共振检查判断囊肿的大小和范围。而且需要和其他的包块比如脂肪瘤，血管瘤等鉴别，术后可以常规的病理检查判断包块性质。腘窝囊肿术后也存在复发的可能性。
不想手术消除腘窝囊肿就必须多注意休息，热敷烫洗，就能够使关节积液得到充分的吸收，囊肿就会逐渐的变小。但如果囊肿逐渐增大，引起了膝关节的活动功能受限，甚至压迫到了血管神经，还是需要进行手术切除的。
需手术切除，手术一般行半身麻醉（腰麻），切除囊肿后，修补破损关节囊，为防止复发可行3-4周石膏固定。腘窝囊肿来源于明显或者不明显的外力导致膝关节囊被小部分撕裂，关节液经此裂口进入组织，组织无法吸收导致形成局部囊肿。
一般术后住院10-14天。如果腘窝囊肿较大，而且腘窝囊肿与胫神经、胫动脉发生粘连，在术中如果出现胫神经副损伤，比如病人出现下肢的皮肤感觉减退、刺痛、肌肉无力，甚至足趾活动明显受限。病人的住院时间会延长。
腘窝深部滑囊肿大或膝关节滑膜囊向后膨出的统称，引起膝后部疼痛和发胀并可触及有弹性的软组织肿块一般情况下腘窝囊肿均应切除术前行关节镜检查大部分可用后内侧切口或后侧切口术后行直腿抬高及股四头肌练习无症状的不需治疗也可穿刺抽液局部注射效果较好。
