沙眼衣原体感染主要通过药物进行治疗。
衣原体是介于细菌与病毒之间的微生物，可感染眼、鼻咽部、子宫颈、尿道黏膜等部位。感染后常见病包括沙眼、结膜炎、泌尿生殖道感染等，衣原体对阿奇霉素、多西环素、四环素或红霉素比较敏感。但是用药剂量需要根据患者具体情况而定，并遵医嘱服用药物。
沙眼衣原体感染可以通过以下方式进行治疗。
1、药物治疗：如果出现了沙眼衣原体，可以通过局部的抗生素来缓解眼睛不适的情况，比如新霉素眼药水、酞丁胺眼药水、利福平眼药水等。病情比较严重的话，可以在医生指导下服用阿奇霉素、红霉素等，能够有效地杀死体内的沙眼衣原体，缓解眼睛的不适。
2、手术治疗：沙眼衣原体感染后，若发生倒睫，即眼睫毛朝眼眶的位置长出来，会对眼睛产生很大的刺|激，可以通过外科的方式进行治疗，从而纠正内翻的眼睑，防止倒睫或眼内翻引起的致盲。
沙眼应全身应用抗生素，一般疗程3～4周。口服四环素，如果忌用四环素，可选用强力应针对沙眼导致的并发症进行手术治疗。如睑内翻矫正术；眼表重建术等。因此只要予以重视即能完成治疗，配偶应该同时参加检查和治疗，治疗后需要复查以确认是否治好了。
如果孕妇在孕期被沙原衣原体传染，那么会造成胎儿的流产，甚至是畸形，患者可以通过药物治疗、生活护理来改善。
怀孕时出现的沙眼衣原体感染，需要做药敏试验，选择敏感的药物。若无法进行药物敏感试验，则应采用阿奇霉素进行临床试验，以解决衣原体感染。至于像是红霉素和左氧氟沙星这样的药物，一般都不能在怀孕的时候服用，否则会导致孩子出现畸形。
根据性别不同，沙眼衣原体造成的症状，有所差异。
1、男性：主要表现为沙眼衣原体尿道炎，常见的症状有尿道瘙痒，刺痛，小便疼痛，尿道不适；以尿道黏液或者黏液脓性分泌物为特征。
2、妇女感染：主要表现为沙眼衣原体宫颈炎，多数女性宫颈感染没有任何症状，出现症状后，会有阴道分泌物影长，呈脓性，查体见宫颈充血水肿糜烂，可有月经期非月经期，也可在性交结束时流血。
宫颈分泌物进行相关细菌培养，药物敏感试验或者是衣原体的DNA分子技术可以确定有病原体的感染。治疗可以通过以下几个方面，第1个就是大环内酯类的药物，第2个是药物治疗控制。
