可以考虑手术治疗。手术方法以显微镜下切除囊肿壁，严密缝合囊肿，以蛛网膜下腔的通道为主要治疗策略。对无症状者以及MRI显示囊肿和临床症状不明显者，一般不需要处理，可先行观察。
通常囊肿小于5厘米是无症状的，所以没有必要治疗。只需要定期的超声波检查来观察它的变化。大于5cm的囊肿可能出现并发症，如肝囊肿引起的胆管扩张、继发性高血压或肾囊肿压迫肾动脉或肾盂引起的肾积水，肝、肾表面的大囊肿甚至有破裂的危险。
肝囊肿通常很少引起疼痛。疼痛不适仅在伴随细菌感染和炎症刺激时出现。它主要引起压迫性疼痛，如体积增大和血液循环不良，导致胸闷和胸痛。肝囊肿可以通过疏通或外科穿刺引流来治疗。
跑步不能治疗肝囊肿。但是跑步可以提高病人的身体免疫能力，从而可以抑制肝囊肿的增大，防止病人的肝囊肿出现恶化、癌变的情况。对于肝囊肿的病人是需要根据囊肿的病理来采取药物治疗、手术切除等方式进行治疗。
肛瘘的治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。肛瘘不能自愈，不治疗会反复发作，需要手术治疗。肛瘘的手术方式很多，手术是减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。
