临床上认为，轻度的良性的甲状腺突眼是可以自行修复的，也可能是自限性的，因此，如果是良性的，那么就可以治疗。
但由于甲状腺功能亢进导致的眼球浸润性突出，其治疗难度很大，并且需要不同的治疗方法，因此，浸润性突眼通常很难根治。总之，对于患有甲状腺功能亢进症的患者，无论是良性还是轻微，都很好治疗，但如果问题严重，可能难以治愈。
甲亢突眼的治疗首先应控制原发病，控制甲状腺功能的亢进，可相应地使用抗甲状腺药物进行治疗。或专门针对突眼可在眼睛局部应用激素冲击疗法。也可以采用免疫抑制治疗方法，诱发球后组织或肌肉的过度反应。再者就是采用局部放疗的治疗方法。
对于甲亢的突眼，要根据突眼的类型和程度进行相应的处理。
甲亢突眼可分为单纯性突眼和浸润性突眼，单纯性突眼是由甲亢引起的交感神经兴奋升高引起的，以眼球轻度突出、眼裂增宽等为特征。侵袭性突眼会出现异物感、胀痛、畏光、流泪、复视、视力下降等，严重时会出现眼球固定、眼睑闭合不全、角膜外露等现象。
对于甲亢突眼最基础的治疗是控制甲亢。大多数病人在甲亢症状缓解后，突眼的症状会自行消失。
甲亢最常见的甲亢病因是自身免疫异常所导致的，体内产生一些针对甲状腺的抗体，这些抗体可以促进甲状腺自主分泌过多的甲状腺激素，过多的甲状腺激素分泌到血液当中，就会产生一系列和激素水平偏高所对应的生理效应，从而出现和甲亢相关的临床表现与症状。
导致甲亢的病因一般有以下几种，建议患者积极治疗：
1、自身免疫性甲状腺疾病：它是一种促甲状腺激素受体抗体，它可以促进甲状腺滤泡上皮细胞的合成，也可以分泌甲状腺激素，从而引起甲状腺功能亢进症。
2、碘摄入过量：会引起短暂的甲状腺机能亢进。
3、甲状腺高机能腺瘤：甲状腺腺瘤具有自身的甲状腺激素作用，可引起甲状腺机能亢进。
一般来讲，甲状腺功能亢进症引起的心房颤动。大多数病人在甲亢控制后会转变成窦性心律。如果房颤的历史比较长，并且在控制了甲亢之后很难恢复窦性心律，可以选择药物复律或者电复律。如果复律困难，持续的心房颤动，需要长期使用β受体阻滞剂来控制心室率，同时需要长期使用抗凝药物来预防心源性脑梗塞，比如华法林、利伐沙班、达比加群酯等。
