肾囊肿较小时，一般对肾脏没有危害，较大的肾囊肿可能会压迫肾集合系统导致引流不畅，从而产生肾积水或结石，有的囊肿会引起肾素分泌增多从而导致血压增高，巨大肾囊肿可能会压迫临近器官和组织，从而导致相应症状和损害，囊肿还有可能继发感染，巨大肾囊肿在受到外伤时可能破裂，导致出血休克等。
孕妇出现肾囊肿是不太严重的一种病症。但是建议密切观察。
肾囊肿，顾名思义，就是肾实质的一种囊性病变，通常为良性病变，若肾囊肿的体积很小，只要经常复查。若患者出现血尿、蛋白尿等肾功能损害时，就应该到医院就诊。孕妇若出现肾囊肿，无明显症状，可暂时不需要办理，甚至更大，亦可于投产后处理。建议定期进行产前检查，明确胎儿和孕妇的身体状态。
肾囊肿如果比较大，还是有一定危险性的，囊肿囊壁较薄，较大的囊肿随时都可能在外力撞击时，造成囊肿破裂等，引起出血，因此有一定的危险性，而且囊肿较大时，会影响正常肾功能，引起肾衰竭。
果单纯性肾囊肿直径大于六厘米以上，或产生了压迫症状，可以通过肾囊肿去顶减压术来得到治愈，但是不能保证肾囊肿不再复发。然而如果是遗传性肾囊肿，通常表现为多囊肾合并多囊肝，目前来说没有办法治愈，仅在多囊肾囊肿较大时，可以通过去顶减压手术来得到缓解。
肾囊肿是常见的肾脏病变，囊肿不是实质性恶性肿瘤，也不是肾脏的器质性疾病，囊肿较小对肾功能及其他方面没有不良影响，因而常没有明显的自觉症状，一般不需要特殊治疗，但能自行消失的可能性不大。建议定期到医院复查，如果囊肿增大较快可以考虑手术。