外阴部检查查看阴道黏膜表面是否光滑，质地是否正常，有无出血点，阴道分泌物的性状及气味是否正常。白带常规检查是否有妇科疾病，如患有性传播疾病，先彻底治疗，然后再怀孕，否则会引起流产，早产等危险。宫颈检查确定女性是否患有宫颈炎症，宫颈糜烂和赘生物等，子宫及附件检查查看女性是否会患有子宫肌瘤，卵巢肿瘤，子宫内膜异位症，盆腔炎等妇科疾病。
由于人群不同，生殖系统感染做的检查也不同。
在女性中，主要是做白带检查、妇科超声检查、宫颈刮片等三项检查。若女性阴道内有大量的白带和分泌物，可直接使用显微镜检查，观察是否有细菌和真菌。检查子宫、附件及盆腔积液时，可用于妇科彩超检查，男性则做精液检查。
生殖道感染一般需要进行实验室检查或者影像学检查来确诊。
如果有泌尿系统感染，男性可以做尿常规和尿培养。如果是精囊炎，可以做核磁共振，如果是前列腺炎，可以做肛门指诊，或者是按摩前列腺，做前列腺液检测。女性可以做白带、妇科彩超、宫颈刮片等检查。
主要有尿常规、泌尿系统彩超。另外，进一步检查还可以做泌尿系统CT、核磁等检查，泌尿系统的侵入性检查，常见膀胱镜检查、输尿管软镜检查、肾脏穿刺活检、前列腺穿刺活检以及经直肠的超声检查等项目。
进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
泌尿系全面检查项目有血常规，尿常规，尿液细菌培养，肾功能检查，泌尿系彩超或CT检查等。对于怀疑结核性感染的，还需要检查24小时尿沉渣抗酸染色，结核抗体，血沉，结核菌素试验。对于考虑神经源性膀胱，还需要测残余尿量，做尿流动力学检查。对于考虑腺性膀胱炎、膀胱肿瘤患者，需要作膀胱镜检查，必要时取活检送病理检。
