黏液腺囊肿是可以自愈的；一般要从饮食、卫生上注意，进行观察。如果反复发作就要选择手术治疗了。反复发作的粘液腺囊肿与周围黏膜无粘连的囊肿，可行摘除术。多次复发或有瘢痕粘连的囊肿，可行切除术；亦可考虑采用硬化剂注射，冷冻或激光治疗。
现在主要是下唇部位的粘液腺囊肿，这个囊肿不太大，所以暂时先观察比较合适，如果没有疼痛的转账，暂时不用治疗。现在可以先观察一段时间，如果是出现了疼痛肿胀或者是囊肿生长比较快，那就建议做手术治疗比较合适，有利于疾病的控制。
黏液囊肿不会自愈。通过手术切除，效果较好。手术时采用局麻方式，切除囊肿及与其相连的黏液腺体。但由于切口周围黏液腺体非常丰富，手术本身有可能损伤到腺体组织，受损伤的腺体组织有可能又演变出新的囊肿，因而本病有可能复发或再发。
可以手术切除，也可以冷冻治疗也是可能的。手术后需要注意的是避免伤口感染，也需要抗感染治疗，但这种疾病很容易复发将囊肿的囊壁完整的切除，可以减少复发的概率，只要完整切除的话，复发几率是比较小的。
如果腱鞘囊肿患者没有出现明显不适症状，可以不进行特殊的治疗。若出现不适症状或并发症时布不治疗，可能会导致病情加重。
腱鞘囊肿是一种良性的肿瘤，一般不会对人体产生任何的伤害，所以不需要特别的处理。但如果是大关节的腱鞘囊肿，会影响到关节的运动，尤其是扩张之后会压迫到神经血管，那么囊肿就需要进行特殊的治疗，将腱鞘囊肿去除，以消除压迫组织，恢复四肢的运动，缓解四肢的麻痹，改善四肢血液循环。
