胚胎停育的原因主要有四个方面。生殖内心泌方面，因为胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，分别是雌激素，孕激素，绒毛膜促性腺激素，如果母体自身的内源性激素不够，就满足不了胚胎的需要，就会造成胚胎的停育；生殖免疫的问题，如果自身有某种抗体，就会抵制胚胎的发育等。
胎儿停育的检查分为男性和女性。男性需要检查染色体，精子质量，精子形态，支原体衣原体，淋球菌。女性需要检查染色体，基本激素，甲状腺功能，催乳素，触觉等。由于医疗发展有限，四分之一的仍无法找到原因。
胚胎停止发育可能跟男性精子质量差有关系，常见原因有染色体异常、免疫功能不全、内分泌功能紊乱、子宫内环境异常、遗传性血栓形成倾向、全身感染性疾病等女性危险因素、精子成熟障碍等男性危险因素、环境不良等因素。
胎停育一般是因为染色体异常引起的，也可能是母体子宫有畸形或是因为夫妻之间年纪比较大怀孕的。在怀孕之前或者怀孕初期有接触化学物质，放射线，有毒的物质等。怀孕期间少吃辛辣油腻生冷刺激的食物，注意性生活卫生，注意个人卫生，勤换内裤，纯棉质地，开水烫洗，太阳暴晒。
胚胎停育后hcg不会翻倍，人体内的人绒毛膜促性腺激素在排出的人绒毛膜促性腺激素停止发育后不会继续增加。胚胎停育之后，晨吐将逐渐消失。早期胚胎停育可能没有明显的不适症状。需要及时去正规医院做无痛流产手术。
连续两次胚胎停育存在再次怀孕的几率。连续两次胚胎停育临床上称为复发性流产，在第三次备孕时，夫妻双方已经去医院进行全面的身体检查。如果孕妇患有高血压、慢性消耗性疾病，需要积极的进行治疗，如果是男性染色体异常导致，如抽烟、喝酒，需要积极的进行戒烟戒酒，否则再次怀孕也会出现胚胎停育的情况。女性在怀孕期间，应该避免接触化学物质以及高温、高噪音的环境，以免对胚胎造成影响。
