子宫内膜异位症的治疗要根据患者的年龄、病情的严重程度、是否有生育需求来决定，具体的治疗方法有：
1、保守治疗：可以采用假孕术或假绝经治疗，在子宫中用药来控制女性的经期，从而达到假孕或者绝经的目的。
2、外科：现在采用的是微创技术，即腹腔镜，对病变进行全面的综合、根治性和半根治性的治疗，提高患者生存期、生活质量、怀孕率。
通常情况下，患者可以通过使用药物、手术治疗等方式进行治疗子宫内膜异位症。具体情况分析如下：
使用药物：子宫内膜异位症患者可以口服避孕药、促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-a）、雄激素类药物（丹那唑）、孕激素受体拮抗剂（米非司酮）等。
手术治疗：年轻且有生育要求的患者，应进行保留生育功能手术；已有子女且患者年龄较大，应进行保留卵巢功能手术。
子宫内膜异位症，不是所有的子宫内膜异位症都需要手术。疼痛难忍，如果疼痛已经严重地影响生活，不管是来月经的时候，月经的间歇期的时候，都要去吃止痛药、打止痛针，甚至这样都没有办法缓解症状的时候，可以手术治疗的。
子宫内膜异位症可以治愈，子宫内膜异位症是一种荷尔蒙依赖的病症，主要表现为盆腔疼痛、不孕、月经不调、下腹疼痛等症状。多数情况属于一种良性的病症，可以通过手术治愈。但是也会出现侵袭、远处转移到其他器官的现象。卵巢子宫内膜异位囊肿是目前最普遍的情况，即使通过外科手术，也有30%的机会会出现反复发作，但要彻底根除是非常困难的。
治疗时要审因论治，针对瘀血这一实质，以活血祛瘀为主，再根据寒热虚实分别施以疏肝理气，温经散寒，益气补肾，清热消症等法。本病在临床以口服汤药效果较好，为提高临床疗效可同时配合针灸、灌肠、外敷药膏等，可以缩短疗程，加速疾病痊愈。
子宫内膜异位症药物治疗的副作用有出现头晕，恶心，呕吐以及月经不正常的问题的，要是出现身体不适应该及时的复诊，担心药物对身体产生过敏反应导致的，给自己增加更大的身体负担。