预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。
导致肛瘘的主要原因是解剖学的因素。肛腺在大便的时候起润滑作用，它会分泌一些粘液性的东西，防止大便太干燥。肛腺不发达的人在大便太干燥的时候，容易感染以后形成肛瘘。还有一些体质的因素。包括人过度劳累，这时候就容易抵抗力下降，进而细菌也就容易繁殖起来。喝酒、吃火锅、麻辣食物也会刺激它的产生。
术后的二十四小时之后，要将伤口里面的填充物取出来，按时服用抗生素。肛瘘术后四十八个小时之后促进排便。日常要适当地做肢体动作，可以增强体质，对伤口的恢复更加快速。
肛瘘手术要忌辛辣刺激，多食新鲜蔬菜水果，少食多餐。预防大便干燥，每天温水坐浴，注意局部的清洁卫生，消毒伤口预防感染。需要注意营养来改善，同时需要注意休息帮助改善。
肛瘘术后伤口的换药和护理尤为重要。只有伤口恢复良好，才能被视为肛瘘手术的成功。首先需要碘伏消毒，将痔疮软膏涂在肛门塞痔栓外面。此时不要选择坐着，一定要打开伤口让分泌物排出。伤口开始寻找新鲜肉芽后，可以将毛巾放在伤口的方向，每天坐半小时。
