脑肿瘤手术的危害会留下后遗症，会出现颅骨缺损等后遗症，肿瘤侵犯了颅骨或者头皮，手术会把颅骨部分及部分头皮进行切除，因此会出现颅骨缺损等后遗症，以后需要修补。
脑肿瘤取决于脑肿瘤的具体性质是良性的还是恶性的，并且脑肿瘤的位置也对个体的疾病有很大的影响。手术治疗和术后康复是必需的，这时也可能受到中医的制约。如果是气滞血瘀，需要按照医生的指导下服用特定的药物。
脑肿瘤微创手术是一种常用手术。也叫显微神经外科手术，是脑肿瘤最基本，有效的治疗方法。这个手术比传统手术要好，具有手术切口小，操作安全，方便，恢复快，效果好等优点。微创手术范围很广，以前大切口现在小切口叫微创，手术后基本看不出来。对身体的伤害较小的一种手术方式。
良性的脑肿瘤手术的危险性较小，由于良性的脑肿瘤其独特的生物学特点，对于良性的脑肿瘤难说一般呈单发的状态，少有对周围组织造成明显的侵袭，因此其边界比较光滑。在手术过程中容易清楚地看到手术的分界线，因此手术可以做到完整的切除，完整切除以后多数良性囊肿瘤一般不容易复发，因此从这个角度而言，良性脑肿瘤手术危险相对较小。
脑肿瘤手术治疗费用，根据肿瘤部位、病情严重程度等不同，而存在比较明显的差异。部位的脑肿瘤，手术费用大概仅需3-5万元。对于颅底等部位，特别是累及重要的神经结构、血管等的肿瘤，有时治疗上会相对困难。
