脑干出血后遗症多会表现为颅神经异常，眼球活动异常，眼球内收障碍、外展障碍，瞳孔可能也会出现异常，如果影响三叉神经脊束核，患者会出现改面部感觉异常，如果影响到面、舌神经核，可以出现面瘫，主要是中枢性面瘫，还有舌瘫伸舌偏向一侧。如果影响了双侧锥体束，患者会出现肢体无力、偏瘫。如果双侧受累就会出现四肢瘫。总之脑干的后遗症的临床表现，主要根据受损部位的不同而表现不同。
主要取决于脑干出血的量。如果脑干出血量比较大，有可能会在住院期间即发生死亡。对于脑干出血能够存活，如果出血量比较小，早期积极康复治疗，有可能得到完全康复。
脑干的损伤，是否能苏醒、何时苏醒都是不能预测的。对于低血压患者饮食营养方面应给予高营养、易消化和富含维生素的饮食：适当补充维生素C、维生素B族和烟酰胺（维生素PP）等。
脑干出血患者的清醒时间主要取决于出血量的多少。如果出血量大约10ml，患者基本上没有清醒的可能性。因为在临床上脑干出血大于10ml，死亡率是接近100%。如果脑干出血量比较小，经过积极的保守治疗，比如脱水降颅压、清除氧自由基、护胃、营养神经等处理，一般在1周之内能够清醒。对于中等脑干出血的患者，早期经过积极的保守治疗，后期待病情稳定一般需要3周左右。
脑干出血的原因主要可能跟病人的血压居高不下，或者血压来回的波动有关系，另外跟长期的动脉硬化有一定的关系，其他跟先天性的因素，遗传因素可能也都有这方面的原因。就需要配合医生及时治疗，比如控制血压水平，选择适当的药物进行营养脑细胞，还可以进行高压氧舱配合康复理疗等治疗好一些。
脑干出血较严重的治疗方法主要是手术治疗，通过手术对于血肿进行吸出，防止血肿对于脑干生命中枢产生影响。如果出血量不大，能考虑进行保守治疗处理，尽早进行脱水降颅压，营养神经等药物治疗。
