月经干净第二天同房是不会怀孕的。
这段时间即使没有进行任何的保护，怀孕的也可能性非常小。怀孕是指在子宫内膜发育到一定的程度后，受精卵就会着床妊娠。女性在经期后的第一日，由于体内的子宫内膜比较稀疏，所以不能达到受精卵着床的要求。在排卵期同房时，有比较高的受孕概率，一般是在下一次来潮的十四日左右。在两个周期之间，女性的排卵期通常会维持2-3天。如果没有怀孕需求，可以采取节育的方法。
由于每个女性的月经周期不同，而且月经期也有长短差异，所以在来完月经第二天同房，仍然可能会引起怀孕。因为安全期通常是指月经第一天的前七天和后八天，如果女性月经不规律，月经周期提前，而月经经期又延长，那月经干净后第二天可能是在排卵期，此时会有卵子排出，同房时又未采取避孕措施，就可能会导致怀孕。同时女性在同房时受到性兴奋刺激，可能会引起异常排卵，这种情况也可能会导致怀孕。
月经期同房容易引发各类疾病，即便是月经最后一天同房也容易对身体造成以下影响：
1、同房时男性的前列腺液容易刺激子宫收缩，进而引起月经过多、经期延长等症状。
2、女性来月经时抵抗力比较差，容易引起女性出现子宫内膜炎、输卵管炎、盆腔炎等炎症。如果输卵管发炎，引起宫颈粘连，甚至可能会导致不孕。
3、月经时子宫内膜上可能会出现破裂的小血管，同时精液如果经过破裂的小血管进入血液会引起免疫性不孕。
4、经血如果进入男性尿道，可能会引起男性泌尿系感染。
月经完后第二天同房出血可能是子宫内膜还没有完全修复好、宫颈疾病等原因导致的，具体分析如下：
女性在月经完后三天有性生活是比较安全的，如果过早的性生活会增加感染的几率，从而导致月经持续。由于月经刚干净，子宫内膜还没有完全愈合，剧烈的性生活会导致子宫再次出血，一般情况下不会出现太多的流血现象。女性在月经刚结束的时候性生活中出现过多的出血，很有可能会导致感染。还要做好宫颈的检查，排除宫颈病变所致的接触性出血。需要定期做彩超检查，以确定子宫内膜的状况。
月经过后第二天同房出血可能是经血未排干净、子宫疾病、性刺激等原因引起的。
偶尔有一次月经过后第2天同房出血，可能是宫腔里残留的月经血还没有排干净，由于同房造成子宫强烈收缩，将宫腔内滞留的月经血排出来。如果月经过后同房，阴道出血较多，可能是子宫内膜病变以及宫颈炎症引起的，建议女性去医院进行检查。另外，由于性刺激，可能会导致月经返潮，进而可能会出现月经过后第二天同房出血的情况。
月经结束后第三天同房是否会怀孕，要看月经期是几天，如果在七天内，月经干净后第三天是安全期同房基本是不会怀孕的，但也不能完全排除，也有排卵提前的可能。如果实在担心怀孕，还没有超过72小时，可以吃紧急避孕药进行补救避孕。
