腘窝囊肿通常都需要在手术切开治疗。在手术直视下将腘窝囊肿完全分离，完整的将整个囊壁切除下来。术中可以根据腘窝囊肿大小，决定是否先切开囊肿，将囊液放出，再做出进一步的囊壁剥离。
要确定右腘囊肿的发生，首先应考虑囊肿的大小。如果囊肿很小，对正常运动没有影响，通常进行保守治疗。然而，如果囊肿相对较大，将严重影响膝关节的运动，需要进行手术治疗。
腘窝囊肿如果较小，并且无明显症状，可以暂时不用任何治疗，继续观察就行，期间注意避免膝关节过度伸屈，以免使囊肿体积变大。如果腘窝囊肿体积较大，影响到膝关节屈曲，或者压迫到局部神经血管，出现小腿的缺血症状或者小腿神经症状，如麻木、放射性疼痛等，则需要手术切除。
可自我愈合，不需手术。腘窝囊肿可分为先天和后天两种，前者多见于儿童，后者可由滑囊本身的疾病如慢性无菌性炎症等引起，部分是并发于慢性膝关节病变而导致的。老年人发病则多与膝关节病变如骨性关节炎、半月板损伤等有关。
腘窝囊肿不断增大，从而可以影响到膝关节的伸屈活动，尤其是可以明显的影响到膝关节的屈曲活动。另外，也可以造成对周围重要的血管神经的压迫，从而引起下肢的缺血症状。
