根据肾结石种类的不同，化石的药物也不尽相同，对于尿酸结石，主要选用枸橼酸氢钾钠，别嘌醇等。对于胱氨酸结石，选用碳酸氢钠片，或者三羟甲基氨基甲烷叶以及乙酰半胱氨酸。
肾结石在泌尿系统较为多见，针对肾结石，应结合具体肾结石病情，确定治疗方案。
由于肾结石大小不一，各部位肾结石及各梗阻重度肾结石等，采用的处理方法不同。一般来说，肾结石都属于比较特殊的一类，并且有很多患者患有肾功能不全的情况。若肾结石较小，也许用保守方法治疗，结石会被排出，便可获得相对良好的效果。当然，如果结石的体积较大的话，或已形成较严重梗阻者，此时用保守的方法处理，疗效较差，此时就是要手术的时候了，用手术方法切除肾结石，才能收到较好的效果，现在临床多采用微创手术。
对于肾脏结石的处理，需要综合考虑患者的具体位置，结石的尺寸，结石的严重性等。
如果是较小型的肾结石，可以采用体外震波碎石，服用一些排石药，多饮水，多做一些锻炼。如果是大的，或是阻塞的比较厉害的，可以考虑做外科手术，把石头从体内排出来。当然，在治疗完结石以后要做好护理，避免再次出现的情况，可以通过定时的检查，多饮水，多排泄，减少肾结石的复发率。
肾结石绞痛的治疗一般为药物治疗和排石治疗。
对相对较小肾结石而言，很可能落入输尿管，由此导致输尿管痉挛，致使肾脏内部压力升高而诱发肾绞痛。在临床中经常发生这种情况，一般出现在患者行走或者运动时，如果突然之间出现了这样的现象，那么就应该考虑为输尿管痉挛造成的疼痛。这绞痛常常很厉害，在治疗上可给些解除输尿管痉挛的药物，及止痛之药以处理。如果患者已经发生了急性发作性肾积水的话，还需要对其采取手术治疗方式。随输尿管痉挛解除而解除，患者绞痛逐渐减轻，有关症状亦将逐步好转。
肾结石不痛，还是得治，并且需要到泌尿外科接受检查和治疗。由于结石愈小，愈易移动，因而导致肾绞痛，病人到医院看病，不痛，却易延误病情，所以一定要经常复查。肾结石不痛可能是因为结石的坎顿位于肾盂输尿管接口处使肾盂里的尿液不能向下流动，造成肾盂积水，如不及时处理，可使积水更加严重，损伤肾脏功能。
建议在医生指导下使用排石的药物治疗，也可以采取碎石术治疗。