胸腺瘤可以采用胸腔镜下微创手术，根据胸部CT的检查，判断胸腺瘤偏向于哪一侧胸腔。如果胸腺瘤偏向于左侧，就左侧开口进行胸腺瘤的摘除。如果胸腺瘤偏右侧，从右侧胸腔镜下胸腺瘤摘除术。
胸腺瘤手术中将胸腺瘤以及整个胸腺全部切除，并将前纵隔的脂肪组织全部切除，术后一般不会复发。若手术中只切除胸腺瘤而将其他胸腺残留，术后会出现其他胸腺组织再次瘤变的可能。胸腺瘤手术，术后是否复发，主要取决于手术中切除的方法。正常成人，胸腔胸腺都会退化消失，若胸腺区胸腺未消失并出现胸腺瘤，就是手术指征，可手术切除。
胸腺瘤手术后最常见后遗症为重症肌无力，重症肌无力和胸腺瘤有直接关系，如眼睑下垂或出现疲劳，上肢伸举费力、咀嚼吞咽困难等。还会造成肾病综合征肾炎的出现。
胸腺瘤不手术长大到一定体积就会压迫周围组织和器官出现胸痛，胸闷，气急，咳嗽，明显肿块，心包积液心慌气短等症状，还有出现并发症如重症肌无力，巨食管症，低蛋白血症，再障性贫血等。
胸腺瘤的治疗原则是一经诊断即应外科手术切除。无论良性或恶性胸腺瘤都应尽早切除。切除的恶性胸腺瘤可根据病理指导术后治疗，部分切除者术后放射治疗可缓解症状，延长存活时间。
