腘窝囊肿跟过度劳累或局部肌腱肌肉等软组织炎症有关，中医方面用中医辨证论治，对证治疗，如用活血化瘀，健脾利湿，消肿止痛的方药，外用舒筋活血的药物外敷会有所好转。
这种疾病一般来讲不会引起局部明显的症状，这种疾病的形成主要是由于膝关节的积液比较多关节腔内的压力比较大向后挤压形成的。形成一个良性的肿块。积极的多注意休息，热敷烫洗，就能够使关节积液得到充分的吸收，囊肿就会逐渐的变小。如果囊肿逐渐增大，引起了膝关节的活动功能受限，甚至压迫到了血管神经，是需要积极的进行手术切除的。
如果是术后出现了静脉血栓，建议病人躺在床上，同时要抬高患肢，以促进静脉血的回流。
患者需要及时应用抗凝药物进行抗凝，主要有低分子肝素钠、华法令、利伐沙班等抗凝药物，同时还需要对病人进行溶栓治疗，如尿激酶、链激酶等，同时要注意观察患者的凝血功能，观察有无出血的可能。一般情况下，静脉血栓形成后，只要及时治疗，预后都会很好。
腘窝囊肿在绝大多数的情况下都需要手术治疗。因为只要发现腘窝囊肿，一般生长的都会比较大，不仅会引起小腿的血液供应，而且会导致下肢肿胀、疼痛，甚至有神经损伤症状，通常都需要在手术切开治疗。
如果左侧腘窝囊肿较小可以采取保守治疗，卧床休息，制动，尽量避免着凉或者劳累，劳损等不利因素，局部可以外敷活血化瘀的膏药或者配合针刺，艾灸等物理疗法，以促进囊肿吸收，如果左侧腘窝囊肿较大，可以选择手术治疗，切开后将囊肿摘除。
一般来说，术后下肢静脉血栓发生后，首先要注意卧床休息，尽量不要经常下地运动；其次，要针对病人的临床症状，采取相应的措施，如血管营养、静脉注射、前列地尔注射液等。
另外，还可以通过服用阿司匹林肠溶片来进行活血化瘀。如果治疗无效，可以选择肝素、华法林等药物。最后，如果上述保守治疗效果不理想，可以选择外科取栓术。