首先要积极的治疗痛风，控制血尿酸的水平，另外还要注意休息，加强保暖，清淡饮食，避免辛辣刺激性食物，不要吸烟喝酒，避免吃海鲜，可以局部热敷，口服消炎镇痛药物，洛索洛芬钠，必要的话进行局部的封闭治疗。
腘窝囊肿跟过度劳累或局部肌腱肌肉等软组织炎症有关，中医方面用中医辨证论治，对证治疗，如用活血化瘀，健脾利湿，消肿止痛的方药，外用舒筋活血的药物外敷会有所好转。
这种疾病一般来讲不会引起局部明显的症状，这种疾病的形成主要是由于膝关节的积液比较多关节腔内的压力比较大向后挤压形成的。形成一个良性的肿块。积极的多注意休息，热敷烫洗，就能够使关节积液得到充分的吸收，囊肿就会逐渐的变小。如果囊肿逐渐增大，引起了膝关节的活动功能受限，甚至压迫到了血管神经，是需要积极的进行手术切除的。
腘窝囊肿通常都需要在手术切开治疗。在手术直视下将腘窝囊肿完全分离，完整的将整个囊壁切除下来。术中可以根据腘窝囊肿大小，决定是否先切开囊肿，将囊液放出，再做出进一步的囊壁剥离。
腘窝囊肿不断增大，从而可以影响到膝关节的伸屈活动，尤其是可以明显的影响到膝关节的屈曲活动。另外，也可以造成对周围重要的血管神经的压迫，从而引起下肢的缺血症状。
平时注意减少腘窝的活动，尽量减少膝关节处的刺激，爬楼梯或者长时间蹲的姿势尽量避免对于小的囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要定期复查，观察囊肿是否继续增大。严重的囊肿可考虑手术。