当转移发生时，肿瘤处于晚期，此时，简单的外科治疗效果不是很好。根据病人的实际情况和肿瘤的病理分类，可以采用化疗或放疗等综合治疗方法。应当在辅助中医治疗的同时，抵抗机体免疫力，提高治疗效果。
根据胸腺瘤恶性程度的不同、手术是否完整切除等，出现复发或者转移的几率也不同，目前认为术后放疗可以降低术后复发或者转移的几率。恶性胸腺瘤可以通过手术大大的延长生存期，是可以治好的。可以延长1-5年。
恶性胸腺瘤应当是我们平时所说的癌症，如果恶性胸腺瘤是早期发现，然后结合抗癌药物治疗，然后定期去医院对病情进行随诊复查。对于癌症的治疗要考虑进行综合性的治疗，如手术、化疗、放疗以及中药的调理。
恶性肿瘤，首先要考虑手术治疗，只有手术治疗才能得到治疗。同时需要配合化疗，放疗，免疫治疗，靶向药物治疗，生物治疗，肝细胞移植，微波消融治疗，介入治疗等，治疗方法很多，需要联合治疗。防止肿瘤的复发。才可以延长寿命。如果不能手术了，就联合治疗。
胸腺瘤可以采用胸腔镜下微创手术，根据胸部CT的检查，判断胸腺瘤偏向于哪一侧胸腔。如果胸腺瘤偏向于左侧，就左侧开口进行胸腺瘤的摘除。如果胸腺瘤偏右侧，从右侧胸腔镜下胸腺瘤摘除术。
胸腺瘤手术，术后是否复发，主要取决于手术中切除的方法。正常成人，胸腔胸腺都会退化消失，若胸腺区胸腺未消失并出现胸腺瘤，就是手术指征，可手术切除。如果手术中将胸腺瘤以及整个胸腺全部切除，并将前纵隔的脂肪组织全部切除，术后一般不会复发。若手术中只切除胸腺瘤而将其他胸腺残留，术后会出现其他胸腺组织再次瘤变的可能。
