无论是高位还是中位闭锁都需要进行手术治疗，这也是治疗的唯一途径，术后如果排便功能正常就代表手术成功。为了保证安全与效果，术后注意卫生，预防感染，注意规律、合理、清淡饮食，多吃水果和蔬菜，忌食辛辣、刺激、油腻、生冷的食物。增强体育锻炼，提升自己的免疫力。
肛周脓肿一般的是只要是有污染的情况就会导致局部的复发，导致瘙痒及化脓。及时去医院进行肛肠专科的检查，并行包囊的切除就可以的。术后以抗炎治疗为主，要保持清洁卫生，平时多吃有营养的食物来促进恢复的。同时要注意平地的休息时间，让宝宝多些休息，补充适当的维生素。
肛门闭锁又称低位肛门直肠闭锁，确诊后应尽早行手术治疗，一般施行会阴肛门成形术，也可采用骶会阴肛门成形术，可以遗留肛门狭窄，建议定期扩肛。这是一种先天发育性畸形，应该不具有遗传性，除非有家族性的遗传病史。
肛门闭锁检查费用通常是2百-4百元。肛门闭锁检查项目有超声波，B超检查、CT、MRI等。不同类型的采用不同的检查项目，对先天性肛门闭锁的治疗，均以手术为主。如低位锁肛：常规消毒，不用局麻也可，只要将会阴部皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可以治愈。
新生儿肛门闭锁，手术前需要禁食一天，一般可采用腹腔镜肛门成形术：通过腹腔镜在微创情况下，建立一条隧道，将直肠在会阴部做吻合，是最佳手术方式，很少发生大便失禁。或腹会阴肛门成形术：在会阴部、腹部做切口，将直肠游离，从盆腔至会阴做条隧道，将直肠穿出，与会阴皮肤吻合。
先天性肛门闭锁可以通过肛门成形术来治疗。现在大部分高位肛门闭锁都是通过切开骶尾部和腹部，将直肠盲端拉到会阴做人工肛门来直接进行的，但也有先在腹部进行人工肛门，当孩子长大后会在会阴进行肛门重建。在儿童专科医院进行全面检查后，邀请专家进行相应的手术，并配合医生进行护理。
