胚胎停育的原因主要有四个方面。生殖内心泌方面，因为胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，分别是雌激素，孕激素，绒毛膜促性腺激素，如果母体自身的内源性激素不够，就满足不了胚胎的需要，就会造成胚胎的停育；生殖免疫的问题，如果自身有某种抗体，就会抵制胚胎的发育等。
胎儿停育的检查分为男性和女性。男性需要检查染色体，精子质量，精子形态，支原体衣原体，淋球菌。女性需要检查染色体，基本激素，甲状腺功能，催乳素，触觉等。由于医疗发展有限，四分之一的仍无法找到原因。
生殖道解剖结构异常，内分泌异常，生殖道感染，血栓性疾病因素，免疫因素，其他尚有男性因素，都是导致胎停出现的原因。现在需要检查明确导致胎停的原因，针对性调理确保下次安全孕育。
胚胎停止发育可能跟男性精子质量差有关系，常见原因有染色体异常、免疫功能不全、内分泌功能紊乱、子宫内环境异常、遗传性血栓形成倾向、全身感染性疾病等女性危险因素、精子成熟障碍等男性危险因素、环境不良等因素。
造成胚胎停育可能是精子和卵子不健康的原因，也可能是内分泌原因，如先天性黄体功能不良的病人在未受孕时，黄体周期短或分泌高峰不够，受孕以后尤其在早期，因为孕激素不够造成流产或胚胎停育。
