主要因污染粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛门周围脓肿，是肛瘘形成的主要原因。直肠肛门损伤：外伤、来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛门周围脓肿。肛裂：肛裂反复感染，可引起皮下瘘，也可引起肛腺炎。
性激素的影响是肛瘘发生的主要原因。在青春期，人体自身的性激素开始活跃，随即一部分皮脂腺，特别是肛腺开始发育增殖，由于肛腺分泌旺盛，若加上肛腺排泄不畅或肛腺管阻滞，则易感染引起肛腺炎。
由于没有养成良好的卫生习惯或者一些其他的原因，让细菌入侵肛管直肠部位，肛管直肠部位又是“排污”的重要通道，细菌非常容易侵入肛隐窝、肛门腺导管和肛门腺体，造成感染发病，逐渐形成脓肿，脓肿破溃后形成肛瘘。
肛瘘一般需要手术治疗。源于肛腺的化脓性感染，波及肛周组织和器官，在肛管或直肠部位形成病理性通道，即应手术治疗，并且要及时治疗。因为病程较长，瘘管可能向四周蔓延，形成较多管道或较多外口，成为复杂肛瘘需要手术治疗。
肛瘘一般有原发性内口，瘘管和继发性外口3个部分组成。绝大多数肛瘘是肛周脓肿切开引流或者自行破溃后导致的后遗症，根据瘘管与括约肌的关系分为复杂性肛瘘和低位肛瘘。肛瘘一旦形成，手术是首选，一般低位肛瘘可以采取瘘管切除手术，如果复杂性肛瘘可以采取肛瘘挂线手术，术后需要注意局部清洁卫生，加强创面换药，预防假性愈合。
