肛瘘的治疗目标是尽可能减少括约肌损伤，消除肛瘘内口和任何相通的上皮化瘘管。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。
隐睾需要进行手术治疗，一般隐睾可以通过睾丸下降，固定手术进行治疗，将睾丸松解，然后放入阴囊中，这样可以改善睾丸的周围环境，避免引起一系列病变。隐睾可以位于腹腔或者位于腹股沟，由于隐睾的位置比较高，周围的环境温度较高，所以会影响到睾丸的生精功能以及睾丸的发育。
手术治疗：成人完全性直肠脱垂的手术方法很多，各有优缺点和不同的复发率。手术途径有4种：经腹部、经会阴、经腹会阴和经骶部。前两种途径应用较多。经腹部手术中直肠悬吊固定术治疗直肠脱垂疗效肯定。
出现吐奶的情况，可以在喂奶之后，可以及时的进行拍背，少量多餐的进行喂养，还是有比较好的效果，这个是因为胃发育还不完善的原因，相对来说比较容易导致一个呕奶的症状。
可以服用抗生素抗感染治疗，然后局部涂抹乳膏，每次排便后用温水清洗肛门，保持肛周的局部清洁，但是如果肛瘘反复发作，瘘口比较多，形成了复杂性肛瘘，使用保守的治疗方法效果不好，要选择手术治疗，主要是手术切开引流。
