对于小的扁桃体结石在平时多吃清淡饮食，在饭前、饭后一定要漱口，如果症状不是很明显，就可以饮食注意，注意漱口。如果结石反复引起周围炎症，此时可以考虑用消炎药物局部治疗。如果出现的结石不能通过普通漱口取出，可以用钳子将其取出。如果是比较大的结石，可以考虑在表面麻醉下切开黏膜将结石取出。如果反复出现结石不能完全消除，只能进行扁桃体切除手术。
有些扁桃体结石不用处理，是可以自己掉出来的，平时可以多用盐水漱口。若是扁桃体结石引起不适的感觉，通过盐水漱口等方法不能掉出来的病人，可以到医院让医生用镊子夹出来，然后多用盐水漱口即可。
扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。
扁桃体结石是由扁桃体上隐窝长期阻塞，致使分泌物引流受限引起。极少数的扁桃体结石会自行脱落，大多数还是需要通过外来器械，摘除结石。如果张嘴就可以明显看到扁桃体结石，可以使用镊子夹取出来。
如果是小结石，可以用刮子或者钳子直接把它慢慢分离、剥出。大结石需要上麻醉药，把黏膜切开，取出来，但必须防止坠入呼吸道，如果没有合并其它全身性的症状，比如发热、急性中毒症状，可以用漱喉的方式进行。
