平时应该注意漱口，尤其是饭前、饭后，在咽腔壁多使用漱口水漱口，有一些小结石可以清理出来。如果结石比较顽固，也可以考虑用筷子或者小汤匙，将扁桃体结石剜出。如果反复出现炎症刺激，还可以去耳鼻喉科进行局部麻醉，将扁桃体周边结石一起切除。
如果是小结石可用刮匙或镊子取出，个别的可用负压吸引取出。如果是大结石在表面麻醉下切开粘膜取出，但需要防止坠入呼吸道，或者用敷贴将药物直接贴于下颌部与扁桃体相对应处，以达到清热解毒、消肿散结的目的。
扁桃体结石可以用刮子或者钳子直接把它慢慢分离、剥出。大结石需要上麻醉药，把黏膜切开，取出来，但必须防止坠入呼吸道，因为扁桃体的位置是呼吸道和食道共同的通道，是一个门户，如果操作不慎，正好随着呼吸，吸到肺里，产生气管异物或者喉异物，会引起严重危及生命的并发症。
如果是小结石，可以用刮子或者钳子直接把它慢慢分离、剥出。大结石需要上麻醉药，把黏膜切开，取出来，但必须防止坠入呼吸道，如果没有合并其它全身性的症状，比如发热、急性中毒症状，可以用漱喉的方式进行。
孩子患扁桃体结石可进行手术治疗。若是小结石，可以用刮子或者钳子直接把它慢慢分离、剥出，大结石需要上麻醉药，把黏膜切开，取出来，但要防止坠入呼吸道。也可使用漱喉的方式，消除扁桃体结石引起的口臭、消除异味、减少细菌滋生。