这是一种先天性直肠发育畸型，与遗传和孕妇怀孕时被病毒感染有一定关系，所以孕妇应该在早期避免病毒感染性疾病的发生。可以使用扩肛仪器进行适当的扩肛治疗，必要时还可以在手术下进行内括约肌侧切来松解肛门局部内括约肌的松紧度。如果是完全先天性的肛门闭锁，那么需要进行人造肛门的造型术。
低位锁肛：常规消毒。不用局麻也可。只要将会阴皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可以治愈。或是会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术等。可根据类型选择不同的手术方法。
一是切开骶尾部和腹部，把直肠盲端拖至会阴做成肛门。二是先在腹部作一个人工肛门等小儿长到1～2岁，再作切开腹部或骶尾部的直肠肛门吻合术。术后要注意孩子的营养，孩子外阴的卫生要保证好的，密切观察。
先天性肛门闭锁症又称锁肛，无肛门症，该病是先天性疾病.婴儿出生后即肛门，肛管，直肠下端闭锁，外观看不见肛门在何位置。一般根据类型选择不同的手术。如低位锁肛：常规消毒，不用局麻也可，只要将会阴部皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可以治愈。
可采用腹腔镜肛门成形术，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术，或尾路肛门成形术等，根据闭锁部位的高低选择不同的手术方式。并且术后注意休息避免疲劳避免饮食上吃刺激性的食物，同时这种手术必须要到大型综合性医院进行治疗。
十二指肠闭锁怀孕九个月，可在孩子出生后做矫治手术进行治疗。
怀孕的晚期可能会有肠管扩张的情况，需复查，进行超声检查，生育后观察孩子排便以及呕吐情况。十二指肠闭锁呕吐的症状出现较早且频繁，腹胀不明显，可能会有少量胎便排出。十二指肠闭锁目前手术治疗已经能降低死亡率，可以待孩子出生后再进行矫治手术，手术前需做详细检查，注意有无合并其他脏器的畸形。
