输卵管囊肿通常是通过手术治疗的。如果早期没有得到有效控制，后期病情的发展可能会恶化。女性应该尽快去医院检查，找出病因，尽早治疗有效控制疾病发展。并根据检查结果进行有效的治疗。
治疗可以通过药物手术还有中医治疗。较早的检查方法就是通液检查。顾名思义就是将管子与宫腔相连，注入药水，如果药水顺利通过输卵管则输卵管没有囊肿堵塞，反之则需要进一步检查了。还有是用输卵管造影检查。通过造影技术可以清晰地看到输卵管内部状态，相比第一种方法简单清晰，且副作用较小。
输卵管囊肿原因多由急性炎症发展而来。炎症使输卵管伞端和峡部粘连，炎性分泌物无法排出，积存而形成输卵管积脓。单纯的卵巢积脓比较少见。卵巢积脓也多因急性输卵管炎引起。输卵管卵巢囊肿多由经期产后，失于调理，致湿热、寒湿之邪乘虚侵入所致。因治疗不及时或不彻底，导致邪气留恋，与冲任气血搏结成瘀，形成输卵管囊肿。
卵巢囊肿一般是慢性附件炎的一种表现，根据囊肿的大小一般可以考虑采取药物或者手术治疗的方式进行治疗，另外在3厘米以下囊肿考虑生理性的可能性较大，一般考虑是可以自行吸收的，通常是无需治疗的。平时要注意经期卫生以及性卫生。
女性在做了输卵管囊肿剔除手术之后，如果输卵管的功能正常，是可以再次怀孕的。但是有很多女性在手术以后输卵管形成瘢痕组织，导致输卵管蠕动功能有异常，此阶段容易出现宫外孕的现象。
输卵管囊肿手术三个月以后才可以怀孕，三个月后怀孕前也是需要先做个输卵管造影，检查一下输卵管是否畅通。如果畅通才可以考虑怀孕的，还需要做一个身体的全面检查，排除一下有没有其他疾病。