亚急性甲状腺炎在极少数的情况下会出现反复发作，不过几率很小。
大多数亚急性甲状腺炎都会痊愈，只有极少数的亚急性甲状腺炎会出现复发。对于亚急性甲状腺炎的复发，可以通过口服非甾体类的消炎止痛药物或者是激素进行治疗。亚甲炎是一种由病毒引起的疾病，其病程有限，预后良好，一般不会出现甲状腺功能减退症，主要表现为颈前区的疼痛。
亚急性甲状腺炎的反复发作要根据病情轻重来决定。
病人的亚急性甲状腺炎虽然被治好了，但过了一段时间就会复发，如果病人有亚急性甲状腺炎的病因，比如病人有过病理性的前驱症状，比如工作压力过大，工作压力过大等，都有很大的几率会复发。
患有亚急性甲状腺炎后，当出现了单纯依靠口服止痛药无法根治的颈痛等症状时，可以采用激素来进行调理。而激素疗法，在缓解了痛楚的情况下，在减少了激素的用量后，会出现反复发作的情况，需要将激素的用量增加到原来的用量，然后再进行观察。
通常来说，强的松是治疗甲状腺炎的药物，具体分析如下：
强的松是一种具有抗炎、抗病毒、抗过敏、抗休克等功效的肾上腺皮质激素药。化脓性甲状腺炎的治疗应采用有效的消炎疗法，也可以使用强的松。强的松是治疗亚急性甲状腺炎、桥本氏病的首选药物。在使用强的松后，如果出现甲状腺肿大、不变、有压迫感的情况下，可以进行外科手术。
用强的松后退热，由于应用激素治疗的有效是退热和颈部疼痛的消失，及血沉回复至正常值内。
甲状腺机能亢进或者甲亢都属于亚急性甲状腺炎。对亚急性甲状腺炎病人来说，事实上，激素并非首选疗法，优选非甾体抗炎药治疗，当非甾体抗炎药无效时，可采取激素对症治疗，但减量时必须循序渐进。此外还需要注意药物不良反应，比如恶心、呕吐等。具体用法请以药品说明为准，也可在正规的医院遵医嘱。
亚急性甲状腺炎反复发作需要尽快去相关医疗科室接受检查，亚急性甲状腺炎发病初期，可出现甲亢症状，后期有些病人还可出现甲减，病情不严重，可以对症处理，心悸，出汗等适当口服解热镇痛药物。
