亚急性甲状腺炎在极少数的情况下会出现反复发作，不过几率很小。
大多数亚急性甲状腺炎都会痊愈，只有极少数的亚急性甲状腺炎会出现复发。对于亚急性甲状腺炎的复发，可以通过口服非甾体类的消炎止痛药物或者是激素进行治疗。亚甲炎是一种由病毒引起的疾病，其病程有限，预后良好，一般不会出现甲状腺功能减退症，主要表现为颈前区的疼痛。
亚急性甲状腺炎的反复发作要根据病情轻重来决定。
病人的亚急性甲状腺炎虽然被治好了，但过了一段时间就会复发，如果病人有亚急性甲状腺炎的病因，比如病人有过病理性的前驱症状，比如工作压力过大，工作压力过大等，都有很大的几率会复发。
患有亚急性甲状腺炎后，当出现了单纯依靠口服止痛药无法根治的颈痛等症状时，可以采用激素来进行调理。而激素疗法，在缓解了痛楚的情况下，在减少了激素的用量后，会出现反复发作的情况，需要将激素的用量增加到原来的用量，然后再进行观察。
亚急性甲状腺炎反复发作需要尽快去相关医疗科室接受检查，亚急性甲状腺炎发病初期，可出现甲亢症状，后期有些病人还可出现甲减，病情不严重，可以对症处理，心悸，出汗等适当口服解热镇痛药物。
亚急性甲状腺炎可能会影响怀孕。
亚急性甲状腺炎很可能影响妊娠，因此，想怀孕必须等亚急性甲状腺炎治好了。在妊娠期当中，对于一些没有症状或者是轻度的亚临床甲状腺炎患者，一般都不会对其身体造成明显的影响，因为病情相对较轻。还有少部分亚急性甲状腺炎，不能根治，就很可能留下永久性甲减，但若留下甲减，仅需补充甲状腺激素即可，使病人甲状腺功能在妊娠规定范围内，即可妊娠。
一般亚急性甲状腺炎不会影响生育。
亚急性甲亢，如果能彻底根治，就不会对生殖造成任何的伤害。在亚急性甲亢的时候，一定要避免妊娠和准备妊娠。亚急性甲状腺炎与病毒感染有一定的相关性。许多病人在患病前就有过上呼吸道的病史，表现为突发性的甲亢、发热、怕冷、畏寒等。如果是轻微的亚急性甲状腺炎，可以口服一些抗炎止痛的非甾体类的消炎止痛药，如果病情较重，可以口服糖皮质激素。糖皮质激素一般要在6-8个星期内停止服用或者减少剂量，避免出现亚急性甲状腺炎的复发。上述治疗方法只作为一个参考，需要在医师的建议下服用。
亚急性甲状腺炎可能引起病人突眼。
由于亚急性甲状腺炎最初，会有一种甲状腺功能亢进之类的症状，以及甲状腺功能亢进症，可使病人有一甲亢性突眼。对于一些良性或恶性的甲状腺结节而言，如果出现明显的肿大或者钙化等情况时，就应该及时就医诊治，否则可能会导致严重的后果。亚急性甲状腺炎引起患者甲亢突眼几率相对较小，主要病因亚急性甲状腺炎其为自愈性。一般认为，如果患者在没有发生甲亢之前，就已经存在着这种现象的话，那么这个亚急性甲状腺炎并不能引起患者产生突眼的问题。即多数亚急性甲状腺炎，无须采取任何医疗干预手段，还可以恢复正常，因此，亚急性甲状腺炎引起甲亢突眼可能性相对较小。一般情况下，亚急性甲状腺炎引起突眼，并没有明显的症状和体征，并且在短时间内就能消失，这一点对于医生来说很容易诊断出来。但并不代表亚急性甲状腺炎患者有甲亢症状，不发生突眼，因此还有部分病人可发生突眼。