是由于肝内胆管胚胎发育障碍所致，也有一部分是脏器退行性病变所导致的。如果囊肿小于5cm，位于肝脏深部，没有明显的症状，没有出血等问题可以不治疗，定期超声观察就行。如果囊肿大于5cm，位于肝脏表面，有胀痛感等症状，可以考虑超声引导下介入穿刺，抽液。
肝囊肿手术主要是在腹腔镜下开创引流术，主要是将肝囊肿的囊壁打开，让囊液流出来达到治疗的目的，还有是肝囊肿的穿刺引流术，穿刺引流术容易囊肿复发，比开创引流术效果要差一些。
对于肝囊肿的治疗是选择手术治疗为主，可以适当的选择观察肝脏的大小，是否有临床主要症状，定期观察就可以，如果直径大于五厘米或者临床主要症状比较明显，还需要适当的选择手术治疗。
肝囊肿通常很少引起疼痛。疼痛不适仅在伴随细菌感染和炎症刺激时出现。它主要引起压迫性疼痛，如体积增大和血液循环不良，导致胸闷和胸痛。肝囊肿可以通过疏通或外科穿刺引流来治疗。
超声是诊断肝囊肿的主要方法。超声可检测几乎所有肝囊肿，肝囊肿检出率可达98%。在定性方面，超声检查比CT更准确，但CT在了解囊肿的大小、数量和位置方面优于B型超声，特别是对于需要手术治疗的巨大肝囊肿。在肝囊肿的诊断中，应首先进行简单、无创的超声检查。肝囊肿一般不会导致肝功能异常。
