卵巢子宫内膜异位囊肿治疗要根据年龄、症状、病变程度及对生育要求等情况予以综合考虑。分药物治疗和手术疗两种方法。手术治疗经腹腔镜或B超下卵巢囊肿穿刺抽液及无水酒精囊内注射术方法；经腹腔或腹腔镜行保留生育功能的手术包括卵巢囊肿剥离、成形术，卵巢切除术，病灶电灼术，粘连分解术等；保留卵巢功能的手术切除子宫及盆腔病灶，保留一侧或部分卵巢功能；也可以手术切除全子宫及双附件盆腔。
子宫内膜异位症的主要病理变化为异位内膜周期性出血及其周围组织纤维化，形成异位结节，痛经、慢性盆腔痛、月经异常和不孕是其主要症状。子宫内膜异位症多食新鲜的蔬菜、水果、忌生冷、辛辣、煎炸、肥厚刺激之品。防止受寒，多吃含有铁和滋补性的食物，还要调整好自己的心态。
子宫内膜异位症不是癌症。如果异位在卵巢，是巧克力囊肿，异位在子宫肌壁间就是子宫腺肌症，子宫腺肌症的特点是进行性痛经。子宫内膜异位症是具有生长功能的，子宫内膜在子宫腔以外的部位生长并且规律性脱落的。
根据病史、查体和超声检查可诊断子宫内膜异位症。育龄期妇女有进行性加剧的痛经或伴不孕史，妇科检查可扪得盆腔内有不活动包块或痛性结节者，抗子宫内膜抗体阳性，结合超声检查可诊断子宫内膜异位症。
造成卵巢子宫内膜异位囊肿有可能是内分泌失调，也有可能是刮宫导致的。正规的不孕不育专科医院就诊，养成良好的生活习惯，注意个人卫生，保持好的心理状态，及时发现及时治疗。平时生活尽量要保持一个良好的作息。
观察治疗：如果较年轻，有生育要求，怀疑子宫内膜异位症，但囊肿非常小，可以先试着怀孕，怀孕本身就是对子宫内膜异位症的治疗，联合治疗：即手术加药物治疗。手术治疗是通过腹腔镜或开腹手术的方式，评估盆腔的状况后，将囊肿或病灶切除，后续需要应用药物治疗，以充分抑制病灶，减少复发。
