对于软骨瘤通常采用手术治疗。对于内生软骨瘤，可以采用病灶刮除植骨术；多发性内生软骨瘤因恶变的机会较大，一旦发生恶变就要进行截肢手术。对于因为关节磨损而出现的骨碎屑，或者伴有疼痛，可以采用理疗治疗.因为骨软骨瘤是一种良性的肿瘤，所以良性肿瘤治疗大部分就是手术切除。
骨软骨瘤目前无相应的药物降低其发生率，主要以手术治疗为主，手术切除软骨瘤周围软骨帽，软骨瘤的基底部和相应骨膜部分，术后复发率较低。其恶变概率约为1%，但是多发性软骨瘤恶变率相对较高，恶性表现为生长迅速的软组织包块或顶部呈菜花状的软骨瘤，合并恶变率会增大。基底部宽的软骨瘤也存在恶变倾向，此类型病变，积极手术。
有可能是属于局部损伤之后而引起的软骨瘤，也有可能是由于遗传基因引起，通常这个软骨瘤是属于良性的肿瘤，直接通过手术切除就可以，多发性骨软骨瘤病的存在并不一定需要做切除术.只有在局部发生疼痛，或产生压迫症状时，才可考虑切除有症状或引起症状的骨疣.手术方法同孤立性骨软骨瘤.切除时必须将覆盖其上的骨膜一并切除，否则容易复发。
软骨瘤是一种较轻微的良性肿瘤，且恶变概率很低，是相对较轻的疾病。但对于多发性的，尤其是儿童型的则要慎重，因为可能引起患儿四肢畸形。对于成年人，只需要定期观察。
脑骨瘤是一种良性肿瘤，如骨瘤细小，无症状且不继续生长，可先观察，暂不予治疗；如日后骨瘤增大且出现明显症状表现，可考虑手术去除，平时注意食欲和睡眠，从而有助于提高生活品质。
