三个月宝宝睡觉老是摇头可能是缺钙、窒息缺氧病史等原因导致的。
1.缺钙：如果家长没有及时给三个月宝宝补充维生素D，可能会影响钙的吸收，容易导致缺钙，可能会引起神经兴奋性增高，导致睡眠不安，从而出现睡觉老是摇头的症状。
2.窒息缺氧病史：如果三个月宝宝出生的时候有窒息缺氧病，可能会影响正常的脑部功能，容易影响睡眠状态，从而出现睡觉老是摇头的症状。
一般情况下，宝宝喜欢趴着睡觉有利有弊。
在子宫中，胚胎表现出一种自卫的姿态，即肚皮向上，后背向外弯曲。仰卧睡觉更安全，较少醒来，较高的睡眠品质，有益于神经的发展；能锻炼颈、胸、腰、四肢的肌力，有利于肌肉的生长；有助于预防胃液回流引起的阻塞，有助于改善患者的呼吸效果。但如果新生儿、早产儿趴着睡觉会导致缺氧、过热、血碳酸过多等情况，会导致突然死亡。1周岁以前最好是平躺着，这样孩子就可以自己翻转了，不用特意调整自己的睡姿。
不能排除是否患有肠道寄生虫病的可能，因为宝宝如果患有肠道寄生虫病的话，会出现肚子疼痛、肚子不舒服，但是不是很严重，这样宝宝就喜欢弯腰等动作减轻腹部的症状表现，逐渐就形成了这样的习惯。
宝宝在宫内就是蜷缩的状态，出生以后趴着睡觉类似于在宫内的状态，这样宝宝有一种安全感，这种姿势是最自然的自我保护姿势。如果宝宝平时是仰着睡觉，突然间出现了趴着睡觉，并且有腹胀，有拉肚子等胃肠道的症状，那就需要高度怀疑为胃肠功能紊乱引起的。
九个月宝宝喜欢睡觉摇头属于正常的现象。
因为这时宝宝在潜意识睡眠中，会出现异常的抖动现象，等宝宝睡熟这种现象就会逐渐的消失。而宝宝在睡眠过程中出现强度较高的摇头的现象时，家长要注意可能是湿疹引起的宝宝睡觉摇头。如果是因为湿疹应该及早的就医，如果宝宝缺钙也可能会引起宝宝摇头现象，当宝宝生长过速，体内的钙就会缺乏，缺钙的时候头皮就会痒，建议给宝宝做个微量元素检查，如果缺钙，及时给予补充。
孩子睡了也没有什么大问题。一般孩子是喜欢翻身睡觉的，但另一方面或横着睡觉也行，但是注意一下，如果说在脸上没有什么特别的差别，那没有什么问题。平时还是要养成良好的生活和饮食习惯，使饮食的营养全面平衡，不要养成素质的结合，养成对孩子挑剔的习惯。
