三个月宝宝睡觉老是摇头可能是缺钙、窒息缺氧病史等原因导致的。
1.缺钙：如果家长没有及时给三个月宝宝补充维生素D，可能会影响钙的吸收，容易导致缺钙，可能会引起神经兴奋性增高，导致睡眠不安，从而出现睡觉老是摇头的症状。
2.窒息缺氧病史：如果三个月宝宝出生的时候有窒息缺氧病，可能会影响正常的脑部功能，容易影响睡眠状态，从而出现睡觉老是摇头的症状。
一般情况下，宝宝三个月睡觉老是摇头可以是以下原因导致的：
宝宝三个月睡觉老是摇头，这就是维生素D和钙质的经典表现。缺乏维生素D和钙质的宝宝三个月会导致神经肌肉的兴奋，主要是由于汗腺的分泌增加，汗珠会刺激到头部，如果觉得痒，就会在枕头上来回的晃头，导致宝宝三个月睡觉老是摇头。还有就是睡眠浅、睡眠不安详，稍有一点声响就会惊醒，也会导致宝宝三个月睡觉老是摇头。
宝宝有摇头的症状建议去医院看儿童保健科。
宝宝摇头可能是平时生活中缺乏维生素D及钙剂导致的，一般年龄段较小的婴幼儿常见，尤其6个月以下的婴儿。宝宝缺乏维生素D会导致神经兴奋性增高，可能出现易惊、哭闹、睡眠不安、多汗等情况。孩子头部出汗会较多，头皮瘙痒，宝宝容易有左右摇头的症状，宝宝的枕部头发会被磨掉，形成枕秃。
婴儿摇头的原因是多种多样的，首先可能跟孩子的大脑前庭发育有关系，对于身体的控制不完善，就容易出现摇头晃脑的表现，但都是暂时性的。或者宝宝存在中耳炎的表现，耳朵疼痛，但是又不懂得如何表达，也会出现摇头的症状。如果宝宝的湿疹比较严重，出现瘙痒的时候，也会用摇头来表达自己的不适。这几个原因当中，中耳炎是最主要的，一旦发现一定要积极治疗。
先考虑的是不是室内温度过高，导致孩子睡觉不舒服，或者考虑孩子是不是有缺钙的情况，所以经常左右摇头，可以带孩子到医院做关于微量元素的检查进行确诊，一般适量的给孩子添加辅食，多晒太阳，保证正常的摄入量，以免影响正常发育。
宝宝睡觉前老是摇头，首先可以考虑是由于缺乏微量元素和寄生虫感染引起的，先带孩子去医院做一个微量元素的监测，确诊以后给孩子补充钙质以及锌，同时服用肠虫清进行打虫治疗。