于根管预备有时会超出根尖孔，造成根尖组织水肿，组织液外渗会引起术后肿胀疼痛，可以观察几天，肿胀疼感会慢慢消失。根管治疗完成后仍有疼痛感时，可拍摄口腔x片，观察是否有遗漏的根管，如果有遗漏的根管，应及时对遗漏根管进行再一次的根管治疗。根管治疗术后几年后然后疼痛，应及时观察根管治疗是否彻底，必要时行二次根管治疗术。
根管治疗后，由于牙髓腔和根管内充填了实性的根管治疗专用材料牙胶，所以会有轻微的胀痛感，多为3-5天，症状即会逐渐减轻，直至消失。若是根管治疗后牙齿持续疼痛，没有逐渐好转的表现，就是治疗出现了问题。
根管治疗牙疼，如果仅仅发生在根管治疗刚刚结束，牙齿出现胀痛或者叩痛，都是非常正常的术后反应，一般1-2周左右会完全的消失，是因为根尖有炎症所导致的。如果在根管治疗后1-2年左右出现牙疼的情况，很有可能是根管治疗时牙神经没有完全取净，或者根管充填时并没有充填严密，导致细菌有残留，重新诱发了根尖周炎，需要重新进行根管治疗。
术后疼痛反应正常，这是因为在根管治疗中，牙齿或多或少受到磨损，牙齿有敏感的刺激，所以疼痛，般会在几天后消失，对根管充填材料过敏，因为在根管治疗前，没有发现有一些会有过敏反应，使用了一些不适合的填充材料，在治疗后牙齿会伴有疼痛。
根管治疗后是会有一定时期的不适感，称为根充反应。根充反应因人而异，有些患者比较敏感可以感觉为疼痛，时间持续比较长，有些患者不敏感也会有轻度不适症状。还要根据患者的根管情况，炎症情况来定，其所反映出来的症状也会有差异。
