乙脑疫苗不良反应有发烧、头痛等。
接种乙脑疫苗后会出现发烧、头痛、头晕、乏力、寒战等全身症状，还有腹痛、腹泻、呕吐等胃肠道症状，一天之内就会自行消失。注射乙肝疫苗后可能会出现局部的不良反应，比如注射部位发红、肿胀、疼痛、皮温升高等，局部的副作用会持续几个小时。接种乙脑疫苗后，如果有副作用，应立即就医，如长期未缓解或加重，则应立即就医。
乙脑疫苗是预防流行性乙型脑炎的有效措施，对于乙脑疫苗注射以后出现的一些不良反应，如全身性的，发烧37—38摄氏度中间，伴随有腹泻，腹疼等，另外如果出现了反复注射的话不良反应的概率会高一点，所以注射以后要观察宝宝的反应，发现异常要及时就医。
乙脑疫苗比较安全，仅有少数小儿会出现不良反应。注射乙脑疫苗后可出现发热，还可出现头痛、头晕、乏力、寒战等全身症状，也可出现腹痛、腹泻、呕吐等胃肠道症状，一般在1天内可自然消退。注射乙肝疫苗后还可出现局部不良反应，如注射部位发红、肿胀、出现疼痛、皮温升高等，局部的不良反应一般持续数个小时。
乙脑疫苗是预防流行性乙型脑炎的有效措施。流行性乙型脑炎是由携带乙脑病毒的蚊子叮咬人后感染引起的脑实质病变。乙脑疫苗分为灭活疫苗和减毒活疫苗两类，也可出现红肿或皮疹现象，但大多症状较轻不需特殊处理，两天内可自行缓解，对个别出现严重过敏反应的，应及时采取针对措施。
乙脑灭活疫苗与减毒疫苗有很大的不同之处，就是因为乙脑灭活疫苗是由死病毒制作而成，副作用比较小，要经过多次的注射，才能在婴儿体内产生抗体。
反复的注射会使婴儿的疼痛和副作用的发生率提高。乙脑减毒疫苗是一种活疫苗，有一定的免疫排斥作用，副作用比较大，但是免疫效果好，接种次数少，对孩子的危害小，更容易为父母所接受。所以，乙脑减毒疫苗优于减毒疫苗。
注射乙脑疫苗一部分人会发烧，具体分析如下：
注射乙脑疫苗后，有一部分儿童会出现发烧症状，如果是由于注射乙脑疫苗导致的发热，可以采取退热的措施。儿童低热，体温在37.5℃以下，可以通过贴退热贴、额头敷温热的毛巾、洗温水澡等方式改善。如果高热，可以服用对乙酰氨基酚、布洛芬。大多数儿童在发烧后一两天就会恢复正常。
